grepq 1.6.6

quickly filter fastq files
Documentation 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127

{
    "regexSet": {
        "regexSetName": "conserved 16S rRNA regions",
        "regex": [
            {
                "regexName": "Primer contig 06a",
                "regexString": "RAATWGRCGGGG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 06aR",
                "regexString": "CCCCGYCWATTY"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 03",
                "regexString": "GGRNGGCNGCAG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 03R",
                "regexString": "CTGCNGCCNYCC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 07a",
                "regexString": "GYYGYCGTCAGC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 07aR",
                "regexString": "GCTGACGRCRRC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 04",
                "regexString": "CVGCNGCYGCGG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 04R",
                "regexString": "CCGCRGCNGCBG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 05b",
                "regexString": "TAGAWACCCNNG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 05bR",
                "regexString": "CNNGGGTWTCTA"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 07b",
                "regexString": "CGAGCGCAACCC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 07bR",
                "regexString": "GGGTTGCGCTCG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 08a",
                "regexString": "AGGYGGGGAYGA"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 08aR",
                "regexString": "TCRTCCCCRCCT"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 02",
                "regexString": "SYGGCGNACGGG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 02R",
                "regexString": "CCCGTNCGCCRS"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 06c",
                "regexString": "GARGAACCTTAC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 06cR",
                "regexString": "GTAAGGTTCYTC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 06b",
                "regexString": "GTGGTTTAATTC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 06bR",
                "regexString": "GAATTAAACCAC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 09",
                "regexString": "GYACWCWCCGCC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 09R",
                "regexString": "GGCGGWGWGTRC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 08b",
                "regexString": "GCKACACACGYG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 08bR",
                "regexString": "CRCGTGTGTMGC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 05a",
                "regexString": "GMGGTGAAATKC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 05aR",
                "regexString": "GMATTTCACCKC"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 01",
                "regexString": "ATYMTGGCTCAG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 01R",
                "regexString": "CTGAGCCAKRAT"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 10",
                "regexString": "AGTCRTAACAAG"
            },
            {
                "regexName": "Primer contig 10aR",
                "regexString": "CTTGTTAYGACT"
            }
        ]
    }
}