Struct BondData 

pub struct BondData {
    pub begin: u32,
    pub end: u32,
    pub order: BondOrder,
    pub direction: BondDirection,
    pub stereo: BondStereo,
    pub stereo_atoms: [u32; 2],
    pub flags: BondFlags,
}

单条键的可变数据。端点为分子内局部原子下标。

Fields

begin: u32

起点原子(局部下标)

end: u32

终点原子(局部下标)

order: BondOrder

键级

direction: BondDirection

SMILES 方向键 / \

stereo: BondStereo

双键立体。由 omgkit-io 的 stereo::perceive_bond_stereo 从 direction 感知, 与 stereo_atoms 配套。

stereo_atoms: [u32; 2]

顺/反的参照原子:[begin 侧一个, end 侧一个]。

只有 stereo 不是 BondStereo::None 时有意义,那时两个下标都合法。 无参照时是 BondData::NO_STEREO_ATOM。

为什么必须存

“顺“与“反“离开参照就没有意义 —— 一根双键两端各有两个取代基,说 “同侧“总得回答“谁和谁同侧”。

这也是它与 BondData::direction 的分工:方向是写法,依附于 某根单键,那根键被删掉信息就没了;顺反是双键自己的属性,只要 两个参照原子还在就一直成立。图编辑之后要重新写出方向键,靠的是这一对。

flags: BondFlags

标志位

Implementations

impl BondData

pub const NO_STEREO_ATOM: u32 = u32::MAX

BondData::stereo_atoms 里表示“没有参照原子“的值。

pub fn new(begin: u32, end: u32, order: BondOrder) -> Self

构造一条指定端点与键级的键。

pub fn valence_contribution_to(&self, atom: u32) -> f32

本键对端点 atom 的价贡献。

配位键的贡献是不对称的:对起点(给体)算 0,对终点(受体)算 1。 这与直觉相反,也与 BondOrder::as_double 不同 —— 后者对配位键 一律算 1。搞混会让隐式氢推断在有机金属分子上系统性出错。

atom 不是本键端点时返回 0。

pub fn other_end(&self, from: u32) -> Option<u32>

给定一端,返回另一端。若 from 不是本键端点则返回 None。

Trait Implementations

impl Clone for BondData

fn clone(&self) -> BondData

Returns a duplicate of the value.

fn clone_from(&mut self, source: &Self)

Performs copy-assignment from source.

impl Copy for BondData

impl Debug for BondData

fn fmt(&self, f: &mut Formatter<'_>) -> Result

Formats the value using the given formatter.

impl Eq for BondData

impl PartialEq for BondData

fn eq(&self, other: &BondData) -> bool

Equality operator ==.

fn ne(&self, other: &Rhs) -> bool

Inequality operator !=.

impl StructuralPartialEq for BondData