Crate omgkit_core 

omgkit-core

omgkit 的 L0 层:列式分子批、CSR 图与元素周期表。

本 crate 刻意保持零依赖,并且不含任何化学语义 —— 没有净化、没有 芳香性感知、没有价键推断。它只回答“分子的拓扑与原子属性如何存放“这一个问题。 化学语义在 omgkit-chem(L2),解析在 omgkit-io(L1)。

两种表示

类型	可变性	布局	用途
MolBuilder	可变	AoS,逐分子	建图:解析、反应产物构建
MolBatch	不可变	SoA + CSR,跨分子	算法、并行、零拷贝导出

二者经 MolBatchBuilder::push / MolView::to_builder 互转, 往返恒等由测试保证。

use omgkit_core::{BondOrder, MolBatchBuilder, MolBuilder};

let mut ethanol = MolBuilder::new();
let c0 = ethanol.add_atom(6);
let c1 = ethanol.add_atom(6);
let o = ethanol.add_atom(8);
ethanol.add_bond(c0, c1, BondOrder::Single).unwrap();
ethanol.add_bond(c1, o, BondOrder::Single).unwrap();

let mut bb = MolBatchBuilder::new();
bb.push(&ethanol).unwrap();
bb.push(&ethanol).unwrap();
let batch = bb.finish();

assert_eq!(batch.num_mols(), 2);
assert_eq!(batch.num_atoms(), 6);

// 列是连续内存,可零拷贝暴露给 numpy / Arrow
assert_eq!(batch.atomic_nums(), &[6, 6, 8, 6, 6, 8]);

// 单分子是零拷贝视图,下标自动换算为局部
let m = batch.mol(1).unwrap();
assert_eq!(m.num_atoms(), 3);
assert_eq!(m.degree(1), 2);

Re-exports

pub use batch::MolBatch;

pub use batch::MolBatchBuilder;

pub use builder::AtomData;

pub use builder::BondData;

pub use builder::BondMut;

pub use builder::MolBuilder;

pub use builder::Neighbors;

pub use element::Element;

pub use error::Error;

pub use error::Result;

pub use types::AtomFlags;

pub use types::BondDirection;

pub use types::BondFlags;

pub use types::BondOrder;

pub use types::BondStereo;

pub use types::ChiralTag;

pub use types::Hybridization;

pub use view::MolView;

Modules

batch

列式分子批 —— omgkit 的核心数据结构。

builder

可变的单分子构造器。

element

元素周期表。

error

核心层错误类型。

polyhedron

配位几何(@SP / @TB / @OH)的排列表与换参照系的换算。

types

基础标量类型:键级、手性、立体、以及原子/键的标志位。

valence

价键与隐式氢推断的规则本身。

view

单分子的零拷贝视图。