Struct Threading 

pub struct Threading {
    pub crossings: usize,
    pub pierces: usize,
    pub min_gap: f64,
    pub pairs: usize,
}

一个构型的自穿账。

只数同一个连通片里的

盐、共晶这类分子有多个互不相连的片段,而片段之间摆在哪儿是另一个问题, 与“链穿过自己“没有关系,修法也不同(那是片段摆放,不是几何精修)。

这不是理论上的顾虑:实测 RDKit 自己给多片段盐的构象里, [O-][N+]([O-])=O.F[Co+]12(F)(NCCN1)NCCN2 的硝酸根与钴配合物直接叠在一起, 两个原子只差 0.3 Å。把这种情形算进“自穿“,会让检测器在真实构象上 报出 48 次交叉 —— 然后校准这一步就废了,后面量什么都不作数。

Fields

crossings: usize

够远的键对(见 RIGID_TOPO)里,最短距离低于 CROSS_TOL 的对数。

pierces: usize

(键, 环) 对的个数,不是键数 —— 一根键竖直穿过立方烷笼会记 2 (上下两个面各一个环),稠合/桥环体系里同一次穿插会被多个环各记一次。

min_gap: f64

所有够远的键对中,最短的那个距离(Å)。

detect 在没有这样的键对时留 f64::MAX,但 Threading::default() 给的是 0.0 —— 拿默认值当“没量到“会读成“两根键完全重合“。

pairs: usize

检查了多少对键。分母 —— 没有它,crossings = 0 可能只是因为没在看。

Trait Implementations

impl Clone for Threading

fn clone(&self) -> Threading

Returns a duplicate of the value.

fn clone_from(&mut self, source: &Self)

Performs copy-assignment from source.

impl Copy for Threading

impl Debug for Threading

fn fmt(&self, f: &mut Formatter<'_>) -> Result

Formats the value using the given formatter.

impl Default for Threading

fn default() -> Threading

Returns the “default value” for a type.

impl PartialEq for Threading

fn eq(&self, other: &Threading) -> bool

Equality operator ==.

fn ne(&self, other: &Rhs) -> bool

Inequality operator !=.

impl StructuralPartialEq for Threading