tskit 0.2.0

rust interface to tskit
Documentation 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71

#[cfg(test)]
use crate::*;

#[cfg(test)]
pub fn make_small_table_collection() -> TableCollection {
    let mut tables = TableCollection::new(1000.).unwrap();
    tables.add_node(0, 1.0, TSK_NULL, TSK_NULL).unwrap();
    tables
        .add_node(TSK_NODE_IS_SAMPLE, 0.0, TSK_NULL, TSK_NULL)
        .unwrap();
    tables
        .add_node(TSK_NODE_IS_SAMPLE, 0.0, TSK_NULL, TSK_NULL)
        .unwrap();
    tables.add_edge(0., 1000., 0, 1).unwrap();
    tables.add_edge(0., 1000., 0, 2).unwrap();
    tables.build_index().unwrap();
    tables
}

#[cfg(test)]
pub fn treeseq_from_small_table_collection() -> TreeSequence {
    let tables = make_small_table_collection();
    tables.tree_sequence(TreeSequenceFlags::default()).unwrap()
}

#[cfg(test)]
pub fn make_small_table_collection_two_trees() -> TableCollection {
    // The two trees are:
    //  0
    // +++
    // | |  1
    // | | +++
    // 2 3 4 5

    //     0
    //   +-+-+
    //   1   |
    // +-+-+ |
    // 2 4 5 3

    let mut tables = TableCollection::new(1000.).unwrap();
    tables.add_node(0, 2.0, TSK_NULL, TSK_NULL).unwrap();
    tables.add_node(0, 1.0, TSK_NULL, TSK_NULL).unwrap();
    tables
        .add_node(TSK_NODE_IS_SAMPLE, 0.0, TSK_NULL, TSK_NULL)
        .unwrap();
    tables
        .add_node(TSK_NODE_IS_SAMPLE, 0.0, TSK_NULL, TSK_NULL)
        .unwrap();
    tables
        .add_node(TSK_NODE_IS_SAMPLE, 0.0, TSK_NULL, TSK_NULL)
        .unwrap();
    tables
        .add_node(TSK_NODE_IS_SAMPLE, 0.0, TSK_NULL, TSK_NULL)
        .unwrap();
    tables.add_edge(500., 1000., 0, 1).unwrap();
    tables.add_edge(0., 500., 0, 2).unwrap();
    tables.add_edge(0., 1000., 0, 3).unwrap();
    tables.add_edge(500., 1000., 1, 2).unwrap();
    tables.add_edge(0., 1000., 1, 4).unwrap();
    tables.add_edge(0., 1000., 1, 5).unwrap();
    tables.full_sort(TableSortOptions::default()).unwrap();
    tables.build_index().unwrap();
    tables
}

#[cfg(test)]
pub fn treeseq_from_small_table_collection_two_trees() -> TreeSequence {
    let tables = make_small_table_collection_two_trees();
    tables.tree_sequence(TreeSequenceFlags::default()).unwrap()
}