ssh-mcp-rs 3.0.0

MCP server exposing SSH control for Linux systems via Model Context Protocol
Documentation
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
1001
1002
1003
1004
1005
1006
1007
1008
1009
1010
1011
1012
1013
1014
1015
1016
1017
1018
1019
1020
1021
1022
1023
1024
1025
1026
1027
1028
1029
1030
1031
1032
1033
1034
1035
1036
1037
1038
1039
1040
1041
1042
1043
1044
1045
1046
1047
1048
1049
1050
1051
1052
1053
1054
1055
1056
1057
1058
1059
1060
1061
1062
1063
1064
1065
1066
1067
1068
1069
1070
1071
1072
1073
1074
1075
1076
1077
1078
1079
1080
1081
1082
1083
1084
1085
1086
1087
1088
1089
1090
1091
1092
1093
1094
1095
1096
1097
1098
1099
1100
1101
1102
1103
1104
1105
1106
1107
1108
1109
1110
1111
1112
1113
1114
1115
1116
1117
1118
1119
1120
1121
1122
1123
1124
1125
1126
1127
1128
1129
1130
1131
1132
1133
1134
1135
1136
1137
1138
1139
1140
1141
1142
1143
1144
1145
1146
1147
1148
1149
1150
1151
1152
1153
1154
1155
1156
1157
1158
1159
1160
1161
1162
1163
1164
1165
1166
1167
1168
1169
1170
1171
1172
1173
1174
1175
1176
1177
1178
1179
1180
1181
1182
1183
1184
1185
1186
1187
1188
1189
1190
1191
1192
1193
1194
1195
1196
1197
1198
1199
1200
1201
1202
1203
1204
1205
1206
1207
1208
1209
1210
1211
1212
1213
1214
1215
1216
1217
1218
1219
1220
1221
1222
1223
1224
1225
1226
1227
1228
1229
1230
1231
1232
1233
1234
1235
1236
1237
1238
1239
1240
1241
1242
1243
1244
## TL;DR

**Уберите `write-file`, `replace-in-file` и обязательные `read_ticket` из публичного API. Оставьте `read-file` и добавьте один `apply_patch`, внутри которого сервер сам читает актуальные снимки файлов, применяет patch к памяти, а перед commit повторно проверяет SHA-256.**

Главное архитектурное изменение: **MCP-handler не должен вызывать другой MCP-handler и разбирать его JSON**. Нужны отдельные типизированные компоненты: parser → planner → remote snapshot store → transaction committer. Ticket сейчас смешивает workflow-проверку «сначала прочитай» и optimistic locking, причём обе задачи решает ненадёжно.

---

# Что сейчас происходит в проекте

Сейчас зависимость примерно такая:

```text
read-file
  └── читает файл
      ├── формирует публичный MCP JSON
      └── выпускает HMAC read_ticket

write-file
  ├── проверяет read_ticket
  ├── выбирает expected_sha256
  └── execute_file_write_transaction()

replace-in-file
  ├── вызывает execute_read_file()
  ├── вытаскивает текст из CallToolResult
  ├── парсит публичный JSON через serde_json::Value
  ├── делает exact replacement
  ├── снова отправляет прочитанный текст на remote-хост ради SHA-256
  └── execute_file_write_transaction()
```

Публично эти три инструмента регистрируются в `src/server.rs:675-685`, а маршрутизируются отдельно в `src/server.rs:747-766`.

Сам commit-механизм уже частично вынесен в `file_edit_common.rs`, но он всё ещё возвращает `CallToolResult`, то есть транспортный MCP-тип протекает в доменную логику.

## Самая плохая связность

`replace-in-file` вызывает публичный handler `execute_read_file()`:

```rust
let read_result = self
    .execute_read_file(ReadFileParams { ... })
    .await?;
```

Затем вытаскивает текст из `CallToolResult`, парсит JSON и ищет поля `content` и `sha256`:

* `src/server/handlers/replace_in_file.rs:185-228`;
* похожее повторение есть в `load_remote_text_file_state()`:
  `src/server/handlers/file_edit_common.rs:162-224`.

Это означает, что изменение публичного JSON-контракта `read-file` может сломать внутреннее редактирование на runtime, хотя компилятор ничего не заметит.

Правильная граница:

```text
read-file MCP handler ───────┐
                             ├── RemoteTextStore::read_snapshot()
apply_patch MCP handler ─────┘
```

Оба handler должны зависеть от одного типизированного сервиса, но **не друг от друга**.

---

# Проблемы `read_ticket`

## 1. Ticket подписывает неправильный SHA для preview/head/tail

В документации инструмента написано:

```text
sha256: SHA-256 hex digest of the full file content
```

Это `src/server/tools.rs:89-91`.

Однако фактически `read-file` сначала получает уже усечённый remote producer’ом текст, а затем хеширует именно его:

```rust
let content_sha256 = Sha256::digest(content.as_bytes());
```

См. `src/server/handlers/read_file.rs:237-255`.

После этого этот SHA помещается и в `sha256`, и в ticket:

```rust
result["sha256"] = ...;
result["read_ticket"] = self.ticket_signer.issue(
    &remote_path,
    result["sha256"].as_str().unwrap_or_default(),
    ...
);
```

См. `src/server/handlers/read_file.rs:278-283`.

Следствие: для большого файла стандартный `preview` выдаёт ticket, подписанный SHA первых 800 строк. `write-file` затем сравнивает его с SHA **полного** remote-файла и получает ложный conflict.

Текущие тесты это не ловят, потому что ticket smoke-test работает с небольшим файлом, полностью помещающимся в preview.

## 2. Явный `expected_sha256` отменяет hash-binding ticket

В `write_file.rs` пользовательский SHA имеет приоритет над SHA из ticket:

```rust
match (user_expected_sha256, ticket_bound_sha256) {
    (Some(user), _) => Some(user),
    (None, Some(ticket)) => Some(ticket),
    ...
}
```

См. `src/server/handlers/write_file.rs:70-77`.

То есть можно предъявить ticket от одной версии файла, а в качестве реального optimistic-lock baseline использовать другой SHA. Если цель ticket — доказать, что была прочитана именно перезаписываемая версия, этот контракт уже нарушен.

## 3. Ticket не является границей авторизации

Ticket доказывает только следующее:

> Этот процесс ssh-mcp когда-то подписал сочетание lexical path + SHA + expiry.

Он не доказывает, что:

* модель действительно увидела весь файл;
* модель поняла содержимое;
* пользователь одобрил изменение;
* файл не поменялся после выдачи ticket;
* путь был канонизирован и находится в разрешённом root.

Причём `replace-in-file` проходит эту «защиту» без отдельного чтения моделью: сервер читает файл внутри handler и сразу редактирует его.

Если целью было заставить агента посмотреть файл, `replace-in-file` эту политику обходит. Если целью была защита от race, достаточно нормального внутреннего snapshot + compare-before-commit.

## 4. Ticket создаёт искусственные отказы

Ключ HMAC генерируется на срок жизни процесса:

* `src/ticket.rs:76-92`.

TTL равен десяти минутам:

* `src/ticket.rs:33-34`.

После перезапуска сервера все ticket становятся невалидными, хотя состояние remote-файла могло вообще не измениться. По истечении десяти минут происходит то же самое.

Это не проверка согласованности файла, а дополнительная временная связность между двумя MCP-вызовами.

---

# Что в текущем transaction engine стоит сохранить

Хорошая основа уже есть:

* sibling staging-файл;
* per-file lock через atomic `mkdir`;
* проверка SHA;
* structured markers для conflict;
* `mv` staging-файла на destination;
* cleanup через trap.

Это находится в `src/server/handlers/file_edit_common.rs:480-501`.

Выбрасывать этот слой полностью не нужно. Его нужно превратить из MCP-oriented helper в типизированный `RemoteCommitter`.

Но сначала надо исправить несколько важных свойств.

---

# Текущая «атомарность» слабее, чем заявлено

Сейчас последовательность такая:

```text
1. Захватить ssh-mcp lock.
2. Посчитать SHA destination.
3. Сравнить expected SHA.
4. Передать новый контент по SSH в stage.
5. mv stage destination.
```

В коде SHA проверяется в `file_edit_common.rs:492-494`, а загрузка stage происходит позже, в `495-496`.

Проблема: sidecar-lock вида `.ssh-mcp-lock` соблюдают только другие операции вашего MCP-сервера. Обычный процесс на remote-хосте ничего о нём не знает.

Возможен race:

```text
ssh-mcp: hash(destination) == expected
ssh-mcp: начинает долгую передачу stage

external process: записывает новую версию destination

ssh-mcp: заканчивает передачу
ssh-mcp: mv stage destination
```

Внешнее изменение будет затёрто.

## Правильный порядок

```text
1. Загрузить уникальный stage.
2. Проверить SHA самого stage.
3. Захватить lock.
4. Непосредственно перед finalize проверить destination.
5. Немедленно выполнить rename.
6. Освободить lock.
```

Так lock удерживается недолго, а окно между проверкой destination и rename становится минимальным.

Полностью атомарного content-hash CAS против **не сотрудничающего** внешнего writer’а обычный POSIX rename не предоставляет. Поэтому честные гарантии должны быть такими:

* против других операций ssh-mcp — сериализация lock’ами;
* против изменений, произошедших до финального preflight, — SHA conflict;
* против произвольного внешнего writer’а в микроскопическом окне `hash → rename` — только best effort.

Если нужна строгая гарантия против внешних writers, они должны использовать тот же lock/protocol, либо изменение должно идти через Git, versioned deployment directory, symlink switch или специализированный remote helper.

---

# Ещё три проблемы commit-слоя

## Потеря metadata

Stage создаётся заново:

```sh
: > "$stage"
cat > "$stage"
mv "$stage" "$dst"
```

См. `file_edit_common.rs:495-499`.

После rename destination получает inode и metadata stage-файла. Это означает потенциальную потерю:

* исходного mode;
* ACL;
* xattrs;
* Linux capabilities;
* hard-link identity;
* владельца, если commit выполняется не тем же владельцем;
* некоторых watcher/file-identity semantics.

Минимум перед rename нужно переносить mode. Для owner/group, ACL и xattrs нужна явно выбранная политика:

```rust
pub enum MetadataPolicy {
    PreserveMode,
    PreserveBasic, // mode + uid + gid where permitted
    PreserveStrict,
    Reset,
}
```

Для системных конфигураций я бы использовал `PreserveBasic` по умолчанию и возвращал warning, если ACL/xattrs не удалось сохранить.

## Непоследовательное поведение symlink

Проверка:

```sh
[ -e "$dst" ]
[ -f "$dst" ]
```

следует по symlink к обычному файлу. Но последующий:

```sh
mv "$stage" "$dst"
```

заменяет сам symlink, а не его target.

Получается:

```text
read/hash -> target symlink
commit    -> symlink path
```

Это опасная семантическая рассинхронизация.

Нормальный default:

```text
final symlink: reject
symlink в компонентах пути: reject либо resolve и проверить confinement
```

Режим `follow_symlink=true` можно добавить отдельно, но только если resolved target остаётся внутри разрешённого root.

## Ошибка после фактически выполненного commit

Сейчас новый SHA вычисляется **после** `mv`:

```sh
mv "$stage" "$dst"
new_hash=$(sha256_file "$dst")
```

Если `mv` уже сработал, а последующий hash, SSH-канал или вывод marker’а сломался, клиент получит ошибку, хотя файл был изменён.

Лучше:

1. локально вычислить planned `new_sha256`;
2. проверить SHA stage до rename;
3. после rename считать planned SHA достоверным;
4. при обрыве SSH после возможного rename вернуть:

```json
{
  "error": "outcome_unknown",
  "operation_id": "...",
  "reconcile_required": true
}
```

После этого сервер может перечитать destination и сравнить его с planned SHA.

---

# Как проблему решают другие инструменты

## OpenAI / Codex

Официальный `apply_patch` строится вокруг structured diffs: модель выдаёт операции create/update/delete, а harness применяет их и возвращает результат модели. В shell-формате Codex используется знакомый file-oriented envelope с `*** Begin Patch`, `*** Add File`, `*** Update File`, `*** Delete File` и optional move. ([OpenAI Developers][1])

Сильная сторона подхода — patch одновременно описывает:

* **что** изменить;
* **где** изменить;
* какой старый контекст должен присутствовать.

OpenAI также публикует reference implementation формата без line numbers: расположение изменения определяется контекстом и `@@` anchors. ([OpenAI Developers][2])

Для вашего MCP это лучший внешний формат, но remote transaction engine должен быть собственным. Локальный reference implementation недостаточен для SSH, metadata, symlink и concurrency.

## Aider

Aider пробовал whole-file, SEARCH/REPLACE и упрощённый unified diff. Их вывод: формат должен быть знакомым, простым, без JSON-escaping и без хрупких line numbers. В их историческом benchmark переход от SEARCH/REPLACE к unified-diff-подобному формату поднял результат GPT-4 Turbo с 20% до 61%. ([aider.chat][3])

Для вашего случая отсюда стоит взять:

* знакомую diff-форму;
* минимум структурного JSON;
* context-based addressing;
* отказ от `match_index`.

Но не стоит слепо брать максимально fuzzy matching: для Python, YAML, systemd и shell whitespace иногда семантически важен.

## Anthropic text editor

Anthropic использует отдельные команды `view`, `str_replace`, `create` и `insert`. `str_replace` требует exact match, включая whitespace и indentation, а `insert` адресует позицию line number. ([Claude Platform Docs][4])

Плюсы:

* простая реализация;
* понятный exact-match conflict;
* безопаснее агрессивного fuzzy replacement.

Минусы:

* create/update/insert остаются разными режимами;
* несколько изменений требуют нескольких вызовов;
* line number быстро устаревает;
* модель должна воспроизводить старый текст отдельными JSON-полями.

Ваш текущий `replace-in-file` концептуально близок именно к этому подходу.

## Reference MCP filesystem server

Официальный filesystem MCP по-прежнему разделяет `write_file` и `edit_file`. `edit_file` принимает массив `oldText/newText`, поддерживает dry-run и whitespace normalization. При этом доступ ограничивается заранее разрешёнными директориями или MCP Roots. ([GitHub][5])

Оттуда нужно взять две вещи:

* конфигурируемые allowed roots;
* preview/diff как UX-функцию.

Разделение `write_file`/`edit_file` и обязательный dry-run-круг копировать не стоит.

---

# Рекомендуемый публичный инструмент

Я бы зарегистрировал только каноническое имя:

```text
apply_patch
```

И при необходимости оставил скрытый route alias:

```text
apply-patch
```

В `list_tools` показывать только `apply_patch`: именно это имя уже знакомо моделям по Codex/OpenAI tooling. ([OpenAI Developers][1])

## MCP schema

```rust
#[derive(Debug, Deserialize, JsonSchema)]
#[serde(deny_unknown_fields)]
pub struct ApplyPatchParams {
    /// Patch in the *** Begin Patch / *** End Patch format.
    pub patch: String,

    /// Configured remote root identifier.
    pub root_id: Option<String>,

    /// Build and return the plan without committing it.
    #[serde(default)]
    pub dry_run: bool,

    /// Optional exact revision guards for selected files.
    #[serde(default)]
    pub expected_sha256: BTreeMap<String, String>,

    pub timeout_ms: Option<u64>,
}
```

Пример вызова:

```json
{
  "root_id": "app",
  "patch": "*** Begin Patch\n*** Update File: config/app.toml\n@@\n-timeout = 10\n+timeout = 30\n*** Add File: config/features.toml\n+experimental = true\n*** Delete File: config/obsolete.toml\n*** End Patch",
  "dry_run": false
}
```

`expected_sha256` здесь:

* прозрачен;
* не подписан HMAC;
* не имеет TTL;
* не обязателен для обычного update;
* используется только когда caller хочет применить patch строго к конкретной ревизии.

Это обычный ETag/precondition, а не ticket.

---

# Paths должны быть относительными разрешённому root

Сейчас `remote_path` должен быть абсолютным, но базовая валидация не запрещает `..`:

* `src/validate.rs:1-33`;
* `src/server/validation/common.rs:45-58`.

Для patch-инструмента не принимайте произвольный абсолютный путь.

Конфигурация:

```text
--edit-root app=/srv/my-app
--edit-root nginx=/etc/nginx
```

Запрос:

```json
{
  "root_id": "nginx",
  "patch": "*** Begin Patch\n*** Update File: nginx.conf\n...\n*** End Patch"
}
```

Проверки `RemotePathResolver`:

```rust
pub struct RemoteEditRoot {
    pub id: String,
    pub absolute_path: String,
}

pub struct RemoteRelativePath(PathBuf);
```

При создании `RemoteRelativePath` запрещать:

* absolute path;
* `..`;
* пустые компоненты;
* NUL/control characters;
* слишком длинные пути;
* path, который после symlink resolution вышел из root.

`root_id` должен выбирать заранее настроенный root. Переданный caller’ом произвольный `"root": "/etc"` не является access control.

---

# Семантика patch-операций

## Add

```text
*** Add File: relative/path
+content
```

Гарантии:

* destination обязан отсутствовать;
* существующий файл никогда не перезаписывается;
* parent должен существовать либо создание родителей должно быть отдельной явной политикой;
* expected state внутри plan: `Missing`.

Для Linux strict create можно реализовать через `renameat2(RENAME_NOREPLACE)` в remote helper либо через атомарный `link(2)` из sibling stage. Обычная последовательность `test ! -e && mv` имеет race.

## Update

```text
*** Update File: relative/path
@@ optional anchor
 context
-old
+new
 context
```

Гарантии:

* source существует;
* это regular UTF-8 file;
* каждый hunk должен найти ровно одно подходящее место;
* hunks применяются по порядку к in-memory document;
* ambiguity — ошибка, а не автоматический выбор первого совпадения;
* internal expected state: SHA снимка, на котором построен plan.

`match_index` больше не нужен. Если контекст неоднозначный, модель должна дать больше контекста или `@@` anchor.

## Delete

```text
*** Delete File: relative/path
```

Гарантии:

* source существует и является regular file;
* internal commit использует SHA прочитанного снимка;
* server policy может требовать пользовательский `expected_sha256`, потому что в самом delete-разделе нет old context.

Практичная политика:

```rust
pub enum DestructivePreconditionPolicy {
    InternalSnapshot,
    RequireExplicitShaForDelete,
    RequireExplicitShaForAllExistingFiles,
}
```

Я бы выбрал `RequireExplicitShaForDelete` для `/etc`-подобных roots и `InternalSnapshot` для project workspace.

## Move

```text
*** Update File: old/path
*** Move to: new/path
```

Гарантии:

* source существует;
* destination отсутствует;
* оба пути находятся в одном configured root;
* destination также входит в lock/preflight set;
* move-to-self и циклы отклоняются.

---

# Какие preconditions реально нужны

Нужно разделить три разных понятия.

## 1. Semantic precondition

Patch-контекст:

```diff
-old_value
+new_value
```

говорит: «в файле должен присутствовать именно этот фрагмент».

Это защищает смысл изменения. Если файл изменился в другом месте, но нужный контекст всё ещё существует, patch можно безопасно применить к актуальной версии.

## 2. Revision precondition

SHA-256 говорит:

> Файл целиком должен быть ровно той версии.

Нужен не всегда. Полезен для:

* delete;
* security-sensitive configs;
* full replacement;
* workflow, где human одобрил diff конкретной версии.

Он может передаваться открыто как `expected_sha256`. HMAC не добавляет корректности.

## 3. Race protection внутри одного вызова

Даже если caller ничего не передал, `apply_patch` должен:

1. прочитать snapshot;
2. вычислить его SHA;
3. построить результат;
4. перед commit снова сравнить remote SHA с SHA snapshot.

Этот hash живёт внутри одного вызова `apply_patch`. Никакого межвызовного ticket не требуется.

---

# Нужный dependency graph

```text
MCP layer
┌──────────────────────────────────────────────┐
│ read_file handler                            │
│ apply_patch handler                          │
│ JSON schema / CallToolResult serialization   │
└──────────────────────┬───────────────────────┘
                       │ typed calls
                       ▼
Application layer
┌──────────────────────────────────────────────┐
│ ApplyPatchService                            │
│   parse -> resolve -> snapshot -> plan        │
│   dry-run OR commit                          │
└───────────────┬───────────────────┬──────────┘
                │                   │
                ▼                   ▼
Pure patch domain              Remote filesystem
┌──────────────────────┐       ┌──────────────────────┐
│ PatchParser          │       │ RemoteTextStore      │
│ PatchMatcher         │       │ RemoteCommitter      │
│ PatchPlanner         │       │ RemotePathResolver   │
│ DiffRenderer         │       │ LockManager          │
└──────────────────────┘       └──────────────────────┘
```

Главное правило:

> Только handler знает о `CallToolResult`, `Content`, `McpError` и публичном JSON.

Parser, planner и remote transaction возвращают нормальные Rust-типы.

---

# Предлагаемая структура модулей

```text
src/
  patch/
    mod.rs
    ast.rs
    parser.rs
    matcher.rs
    planner.rs
    error.rs

  remote_fs/
    mod.rs
    path.rs
    snapshot.rs
    metadata.rs
    transaction.rs
    error.rs

  server/
    handlers/
      read_file.rs
      apply_patch.rs
```

`file_edit_common.rs` можно постепенно разделить между:

```text
remote_fs/snapshot.rs
remote_fs/transaction.rs
```

## Основные типы

```rust
#[derive(Debug, Clone, Copy, PartialEq, Eq)]
pub struct Sha256Digest([u8; 32]);

#[derive(Debug, Clone)]
pub enum ExpectedState {
    Missing,
    Sha256(Sha256Digest),
}

#[derive(Debug, Clone)]
pub enum RemotePathKind {
    Missing,
    RegularFile,
    Directory,
    Symlink,
    Other,
}

#[derive(Debug, Clone)]
pub struct RemoteFileSnapshot {
    pub path: RemotePath,
    pub kind: RemotePathKind,
    pub bytes: Vec<u8>,
    pub sha256: Option<Sha256Digest>,
    pub metadata: Option<RemoteFileMetadata>,
}

#[derive(Debug)]
pub enum PatchOperation {
    Add {
        path: RemoteRelativePath,
        content: Vec<u8>,
    },
    Update {
        path: RemoteRelativePath,
        move_to: Option<RemoteRelativePath>,
        hunks: Vec<PatchHunk>,
    },
    Delete {
        path: RemoteRelativePath,
    },
}

#[derive(Debug)]
pub struct PlannedFileChange {
    pub source: RemotePath,
    pub destination: Option<RemotePath>,
    pub operation: PlannedOperation,
    pub expected_source: ExpectedState,
    pub expected_destination: Option<ExpectedState>,
    pub old_bytes: Option<Vec<u8>>,
    pub new_bytes: Option<Vec<u8>>,
    pub new_sha256: Option<Sha256Digest>,
}
```

Внутри используйте enum `ExpectedState::Missing`, а не строковый all-zero SHA sentinel. Sentinel допустим только как внутренний wire marker shell-протокола.

---

# Handler должен быть почти пустым

```rust
pub async fn execute_apply_patch(
    &self,
    params: ApplyPatchParams,
) -> Result<CallToolResult, McpError> {
    let request = ApplyPatchRequest::try_from(params)
        .map_err(|e| McpError::invalid_params(e.to_string(), None))?;

    match self.patch_service.apply(request).await {
        Ok(report) => Ok(json_success(report)),
        Err(error) => Ok(json_tool_error(error)),
    }
}
```

А orchestration находится в сервисе:

```rust
pub async fn apply(
    &self,
    request: ApplyPatchRequest,
) -> Result<ApplyPatchReport, ApplyPatchError> {
    let patch = self.parser.parse(&request.patch)?;
    let resolved = self.path_resolver.resolve_patch(patch, request.root_id)?;
    let snapshots = self.store.read_snapshots(&resolved).await?;
    let plan = self.planner.build(resolved, snapshots, &request.preconditions)?;

    if request.dry_run {
        return Ok(ApplyPatchReport::from_plan(plan));
    }

    self.committer.commit(plan).await
}
```

Никаких:

* `execute_read_file()` внутри;
* `CallToolResult` внутри planner;
* `serde_json::Value` внутри edit service;
* повторной отправки текста на remote-хост ради SHA.

Локальный SHA UTF-8 bytes и remote SHA этих же bytes одинаковы. `compute_partial_baseline_sha256()` из `file_edit_common.rs:229-299` после рефакторинга не нужен.

---

# Как организовать batch commit

Рекомендованная последовательность:

```text
1. Полностью распарсить patch.
2. Проверить лимиты и path conflicts.
3. Разрешить все пути относительно root.
4. Прочитать все необходимые snapshots.
5. Применить все hunks в памяти.
6. Убедиться, что весь patch планируется без ошибок.
7. Вычислить diff и new SHA.
8. Загрузить все stage-файлы.
9. Захватить все lock’и в сортированном порядке.
10. Повторно проверить все source/destination preconditions.
11. Перенести metadata на stage.
12. Выполнить finalize в детерминированном порядке.
13. Освободить lock’и и удалить staging.
```

## Почему lock’и надо сортировать

Для multi-file patch два параллельных вызова могут брать файлы в разном порядке:

```text
operation A: lock file1, ждёт file2
operation B: lock file2, ждёт file1
```

Все canonical paths нужно сортировать и захватывать в одном порядке.

## Не называйте multi-file commit полностью атомарным

Обычная файловая система не предоставляет единой транзакции сразу для нескольких произвольных файлов.

Честное имя гарантии:

```json
{
  "atomicity": "batch_preflight_per_file_commit"
}
```

Оно означает:

* до первой мутации проверены все файлы;
* каждый отдельный replace атомарен через rename;
* при ошибке finalize выполняется best-effort rollback;
* возможен `partial_apply`, который явно перечисляет состояние каждого пути.

Если пока не готовы реализовать rollback/journal, безопасный первый релиз — разрешить только один затрагиваемый файл на patch:

```text
max_files_per_patch = 1
```

Формат и API при этом уже останутся будущесовместимыми.

---

# Dry-run не должен превращаться в новый ticket

`dry_run` полезен для человека, но не должен быть обязательным первым этапом.

Плохой workflow:

```text
dry_run -> получить plan_token -> apply с plan_token
```

Это тот же ticket, только под другим названием.

Нормальный workflow:

```text
apply_patch(dry_run=true)
  -> вернуть diff + base_sha256

apply_patch(dry_run=false, expected_sha256=base_sha256)
  -> заново прочитать и построить plan
  -> conflict, если версия изменилась
```

Причём `expected_sha256` передаётся только когда caller действительно хочет закрепить preview к конкретной версии. Для обычного автоматического изменения достаточно patch-контекста и внутреннего CAS.

Если нужна approval-система, approval должен быть связан с:

```text
hash(canonical root_id + canonical patch)
```

то есть с намерением изменения, а не с opaque read-ticket. Проверка состояния файлов остаётся отдельным механизмом.

---

# Matching policy

Для remote-конфигов я рекомендую строгий default.

```rust
pub enum MatchPolicy {
    Exact,
    IgnoreTrailingWhitespace,
}
```

В первом релизе можно оставить только `Exact`.

Правила:

* old/context lines сопоставляются буквально;
* line endings обрабатываются отдельно от содержимого строки;
* trailing whitespace не игнорируется без явного режима;
* несколько совпадений — `ambiguous_hunk`;
* отсутствие совпадения — `context_mismatch`;
* hunks применяются последовательно;
* pure insertion обязан иметь anchor/context либо специальный EOF marker;
* никаких автоматических Unicode punctuation substitutions;
* никаких silent first-match replacements.

При ошибке возвращайте bounded diagnostic:

```json
{
  "ok": false,
  "error": "ambiguous_hunk",
  "path": "config/app.toml",
  "hunk": 2,
  "candidate_lines": [18, 57],
  "message": "Hunk context matched more than once; include additional context."
}
```

Это лучше текущего `match_index`, поскольку модель исправляет сам patch, а не угадывает изменчивый порядковый номер совпадения.

---

# Line endings и raw bytes

Snapshot лучше хранить как bytes, даже если инструмент поддерживает только UTF-8:

```rust
pub struct RemoteFileSnapshot {
    pub bytes: Vec<u8>,
    pub text: String,
    pub sha256: Sha256Digest,
}
```

Причины:

* SHA должен считаться по точным remote bytes;
* нужно сохранять CRLF/LF;
* нужно сохранять наличие или отсутствие финального newline;
* diff matcher может работать с logical lines, а writer — с восстановленными bytes.

Для существующего файла inserted lines должны использовать его доминирующий line ending. Для нового файла можно использовать LF.

Binary-файлы по-прежнему должны идти через `transfer`, а `apply_patch` должен возвращать `invalid_utf8`.

---

# Исправление `read-file`

После удаления ticket ответ лучше сделать таким:

```json
{
  "path": "/srv/app/config.toml",
  "mode": "preview",
  "content": "...",
  "content_sha256": "hash-of-returned-window",
  "returned_lines": 800,
  "truncated": true
}
```

Для `mode=full` можно дополнительно вернуть:

```json
{
  "file_sha256": "hash-of-entire-file"
}
```

Не называйте hash усечённого content просто `sha256`, если документация обещает SHA полного файла.

Внутреннее чтение для edit не должно зависеть от `max_output_tokens`: контент не отправляется модели. Нужен отдельный лимит:

```text
max_remote_edit_file_bytes
max_patch_bytes
max_resulting_file_bytes
max_total_patch_bytes
max_files_per_patch
max_hunks_per_file
```

---

# Формат ответа

Успех:

```json
{
  "ok": true,
  "dry_run": false,
  "atomicity": "batch_preflight_per_file_commit",
  "files": [
    {
      "path": "config/app.toml",
      "operation": "update",
      "changed": true,
      "previous_sha256": "…",
      "new_sha256": "…",
      "bytes_written": 1432,
      "metadata_preserved": true
    }
  ],
  "warnings": []
}
```

Conflict:

```json
{
  "ok": false,
  "error": "conflict",
  "path": "config/app.toml",
  "expected_sha256": "…",
  "actual_sha256": "…",
  "retryable": true
}
```

Неопределённый результат после SSH disconnect:

```json
{
  "ok": false,
  "error": "outcome_unknown",
  "path": "config/app.toml",
  "planned_sha256": "…",
  "operation_id": "…",
  "reconcile_required": true
}
```

Ожидаемые domain errors лучше возвращать как `CallToolResult::error` с JSON body. `McpError` оставить для:

* malformed MCP arguments;
* schema violations;
* internal programmer errors;
* transport-level нарушения протокола.

Сейчас `write-file` и `replace-in-file` смешивают `McpError::invalid_params`, текстовые `Error:` и JSON conflict. Новый инструмент должен иметь единый контракт.

---

# Конкретный план миграции по файлам

## 1. Добавить patch domain

```text
src/patch/ast.rs
src/patch/parser.rs
src/patch/matcher.rs
src/patch/planner.rs
src/patch/error.rs
```

Parser и matcher должны быть полностью pure и покрываться обычными unit tests без SSH.

## 2. Извлечь типизированное чтение

Из `execute_read_file()` вынести:

```rust
async fn read_remote_snapshot(
    &self,
    path: &RemotePath,
    limit: usize,
) -> Result<RemoteFileSnapshot, RemoteFsError>;
```

Публичный `read-file` будет только форматировать snapshot/window в JSON.

## 3. Переписать transaction return type

Сейчас:

```rust
execute_file_write_transaction(...)
    -> Result<CallToolResult, McpError>
```

Нужно:

```rust
commit_file(...)
    -> Result<FileCommitResult, RemoteCommitError>
```

MCP-конвертация — только в handler.

## 4. Убрать зависимость edit от `TransferEngine`

Сейчас local staging создаётся через:

```rust
self.transfer.local_root()
```

в `file_edit_common.rs:404-405`.

Это ненужная связность edit → transfer.

При текущем лимите 1 MiB можно стримить:

```rust
let mut input = std::io::Cursor::new(new_bytes);
```

Для больших файлов используйте отдельный `EditSpool`, а не `TransferEngine`.

## 5. Добавить `apply_patch`

Изменения:

```text
src/tools/mod.rs
src/server/tools.rs
src/server/handlers/mod.rs
src/server/handlers/apply_patch.rs
src/server.rs
src/lib.rs
README.md
```

В `list_tools`:

```text
read-file
apply_patch
```

## 6. Спрятать legacy tools

На один переходный релиз можно:

* не показывать `write-file` и `replace-in-file` в `list_tools`;
* продолжать принимать старые route;
* внутри преобразовывать их в typed plan;
* возвращать warning `deprecated_tool`.

Но legacy handler не должен больше вызывать `execute_read_file` и не должен требовать ticket.

## 7. Удалить ticket infrastructure

После удаления compatibility:

* удалить `src/ticket.rs`;
* удалить `ticket_signer` из `SshMcpServer`;
* удалить initialization в `src/server.rs:198`;
* удалить `read_ticket` из `ReadFileResponse` и `WriteFileParams`;
* удалить `hmac` и `getrandom` из `Cargo.toml`;
* оставить `sha2` и `similar`.

Поскольку текущая версия проекта `2.1.0`, удаление публичных инструментов и параметров логично выпустить как `3.0.0`.

---

# Обязательные тесты

До удаления старых инструментов я бы добавил следующие regressions:

1. `read-file preview` большого файла: `content_sha256` не выдаётся за full-file SHA.
2. Update с уникальным context.
3. Update с отсутствующим context.
4. Update с несколькими совпадениями.
5. Add существующего файла не перезаписывает его.
6. Delete с неверным explicit SHA не удаляет файл.
7. Изменение destination во время загрузки stage приводит к conflict.
8. Два multi-file patch захватывают lock’и без deadlock.
9. Один конфликт в batch preflight не изменяет ни одного файла.
10. Mode executable-файла сохраняется.
11. Final symlink отклоняется.
12. `../` и absolute paths отклоняются.
13. Symlink-component не позволяет выйти из configured root.
14. CRLF и отсутствие финального newline сохраняются.
15. `$`, `\`, quotes и Unicode остаются literal bytes.
16. SSH disconnect после rename возвращает `outcome_unknown`, затем reconciliation определяет реальное состояние.
17. Повторное применение того же patch даёт предсказуемый context conflict, а не повторное изменение.
18. Server restart никак не влияет на возможность применить patch к неизменившемуся файлу.

---

# Итоговая рекомендация

Окончательная модель должна выглядеть так:

```text
read-file:
  только чтение и наблюдаемая metadata

apply_patch:
  один self-contained edit request
  patch context = semantic precondition
  optional SHA = exact revision precondition
  internal snapshot SHA = race protection
  no ticket
  no mandatory dry-run
  no handler-to-handler calls
```

Наиболее важные немедленные исправления даже до полного перехода:

1. исправить ложный full-file SHA в `read-file`;
2. перестать разбирать `CallToolResult` внутри edit-кода;
3. перенести загрузку stage до финальной SHA-проверки destination;
4. отклонять symlink;
5. сохранять metadata;
6. ограничить редактирование configured roots;
7. заменить opaque HMAC ticket на внутренний snapshot SHA и optional открытый `expected_sha256`.

Я выполнил статический разбор исходников. Запустить `cargo test --all-targets` в текущем окружении не удалось: исполняемый файл `cargo` отсутствует, поэтому runtime-поведение и компиляцию предложенного рефакторинга здесь не проверял.

[1]: https://developers.openai.com/api/docs/guides/tools-apply-patch "
  Apply Patch | OpenAI API
"
[2]: https://developers.openai.com/cookbook/examples/gpt4-1_prompting_guide "
  GPT-4.1 Prompting Guide
"
[3]: https://aider.chat/docs/unified-diffs.html "Unified diffs make GPT-4 Turbo 3X less lazy | aider"
[4]: https://docs.anthropic.com/en/docs/agents-and-tools/tool-use/text-editor-tool "Text editor tool - Claude Platform Docs"
[5]: https://github.com/modelcontextprotocol/servers/blob/main/src/filesystem/README.md "servers/src/filesystem/README.md at main · modelcontextprotocol/servers · GitHub"