seqwish 0.1.0

A variation graph inducer - build pangenome graphs from pairwise alignments
Documentation 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44

/* -*- mode: c++; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil; tab-width: 4 -*- */
#ifndef CPU_BASE_FREQUENCY_H_INCLUDED
#define CPU_BASE_FREQUENCY_H_INCLUDED

// Copyright (c) 2019 Maxim Egorushkin. MIT License. See the full licence in file LICENSE.

#include <vector>

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

namespace atomic_queue {

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

double cpu_base_frequency();

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

struct CpuTopologyInfo {
    unsigned socket_id;
    unsigned core_id;
    unsigned hw_thread_id;
};
std::vector<CpuTopologyInfo> get_cpu_topology_info();

std::vector<CpuTopologyInfo> sort_by_core_id(std::vector<CpuTopologyInfo> const&);
std::vector<CpuTopologyInfo> sort_by_hw_thread_id(std::vector<CpuTopologyInfo> const&);

std::vector<unsigned> hw_thread_id(std::vector<CpuTopologyInfo> const&);

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

void set_thread_affinity(unsigned hw_thread_id);
void reset_thread_affinity();

void set_default_thread_affinity(unsigned hw_thread_id);

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

} // namespace atomic_queue

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

#endif // QUORUM_CPU_BASE_FREQUENCY_H_INCLUDED