gkl 0.1.0

Genomics Kernel Library
Documentation 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43

fn main() {
    println!("cargo:rerun-if-changed=gkl");
    cc::Build::new()
        .cpp(true)
        .file("gkl/pairhmm/pairhmm_common.cc")
        .file("gkl/smithwaterman/smithwaterman_common.cc")
        .warnings(false)
        .compile("gkl-common");
    cc::Build::new()
        .cpp(true)
        .file("gkl/pairhmm/avx_impl.cc")
        .flag("-mavx")
        .warnings(false)
        .compile("gkl-pairhmm-avx");
    cc::Build::new()
        .cpp(true)
        .file("gkl/smithwaterman/avx2_impl.cc")
        .flag("-mavx")
        .flag("-mavx2")
        .warnings(false)
        .compile("gkl-sw-avx2");
    cc::Build::new()
        .cpp(true)
        .file("gkl/pairhmm/avx512_impl.cc")
        .flag("-mavx")
        .flag("-mavx2")
        .flag("-mavx512f")
        .flag("-mavx512dq")
        .flag("-mavx512vl")
        .warnings(false)
        .compile("gkl-pairhmm-avx512");
    cc::Build::new()
        .cpp(true)
        .file("gkl/smithwaterman/avx512_impl.cc")
        .flag("-mavx")
        .flag("-mavx2")
        .flag("-mavx512f")
        .flag("-mavx512dq")
        .flag("-mavx512vl")
        .flag("-mavx512bw")
        .warnings(false)
        .compile("gkl-sw-avx512");
}