gamlss-core 0.2.1

Core type-driven abstractions for GAMLSS modeling
Documentation
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
use crate::ModelError;

/// Минимальный контракт design matrix для hot path модели.
///
/// Реализации должны интерпретировать `beta` как вектор длины `ncols()` и
/// `weights` как вектор длины `nrows()`. Методы не обязаны повторно проверять
/// длины в release-сборке, поэтому вызывающий код валидирует размеры заранее.
pub trait DesignMatrix {
    /// Число наблюдений.
    fn nrows(&self) -> usize;
    /// Число коэффициентов в блоке.
    fn ncols(&self) -> usize;
    /// Скалярное произведение строки `row` на `beta`.
    fn dot_row(&self, row: usize, beta: &[f64]) -> f64;
    /// Добавляет `X^T weights` в `out`.
    fn add_t_mul_vec(&self, weights: &[f64], out: &mut [f64]);
    /// Добавляет `X^T (weights * multiplier)` в `out`.
    ///
    /// Default implementation materializes scaled weights. Matrix
    /// implementations used in hot paths should override this method when they
    /// can fuse scaling into their transpose multiply.
    #[inline]
    fn add_weighted_t_mul_vec(&self, weights: &[f64], multiplier: &[f64], out: &mut [f64]) {
        debug_assert_eq!(weights.len(), multiplier.len());

        let scaled_weights = weights
            .iter()
            .zip(multiplier)
            .map(|(weight, multiplier)| weight * multiplier)
            .collect::<Vec<_>>();
        self.add_t_mul_vec(&scaled_weights, out);
    }

    /// Добавляет `X^T diag(weights) X` в `out`.
    ///
    /// `out` — row-major матрица размера `ncols × ncols`. Результат
    /// добавляется к уже существующим значениям `out`, а не заменяет их.
    /// Матрица симметрична; реализации могут вычислять только верхний
    /// треугольник и зеркалить в нижний.
    ///
    /// Default-реализация строит столбец за столбцом через
    /// [`Self::dot_row`] и [`Self::add_t_mul_vec`]. Реализации
    /// с прямым доступом к значениям (dense, sparse) должны переопределить
    /// этот метод для избежания аллокаций и ускорения через SIMD.
    #[inline]
    fn gram_weighted(&self, weights: &[f64], out: &mut [f64]) {
        let ncols = self.ncols();
        let nrows = self.nrows();
        debug_assert_eq!(weights.len(), nrows);
        debug_assert_eq!(out.len(), ncols * ncols);

        let mut unit_beta = vec![0.0; ncols];
        let mut w_xk = vec![0.0; nrows];

        for k in 0..ncols {
            if k > 0 {
                unit_beta[k - 1] = 0.0;
            }
            unit_beta[k] = 1.0;

            for row in 0..nrows {
                w_xk[row] = self.dot_row(row, &unit_beta) * weights[row];
            }

            let gram_col = &mut out[k * ncols..(k + 1) * ncols];
            self.add_t_mul_vec(&w_xk, gram_col);
        }
    }
}

/// Простая dense matrix в row-major порядке.
#[derive(Debug, Clone, PartialEq)]
pub struct DenseDesign {
    nrows: usize,
    ncols: usize,
    values: Vec<f64>,
}

impl DenseDesign {
    /// Создаёт dense matrix из row-major значений.
    ///
    /// # Errors
    ///
    /// Возвращает [`ModelError::DesignSize`], если `values.len() != nrows * ncols`.
    /// Возвращает [`ModelError::ArithmeticOverflow`], если `nrows * ncols` не
    /// помещается в `usize`.
    pub fn from_row_major(
        nrows: usize,
        ncols: usize,
        values: Vec<f64>,
    ) -> Result<Self, ModelError> {
        let expected_values = checked_len(nrows, ncols, "dense design row-major value count")?;
        let actual_values = values.len();
        if actual_values != expected_values {
            return Err(ModelError::DesignSize {
                expected_values,
                actual_values,
            });
        }

        Ok(Self {
            nrows,
            ncols,
            values,
        })
    }

    /// Создаёт dense matrix из массива строк фиксированной ширины.
    #[must_use]
    #[inline]
    pub fn from_rows<const C: usize>(rows: &[[f64; C]]) -> Self {
        let values = rows.iter().flat_map(|row| row.iter().copied()).collect();
        Self {
            nrows: rows.len(),
            ncols: C,
            values,
        }
    }

    /// Создаёт design matrix из одного intercept-столбца.
    #[must_use]
    #[inline]
    pub fn intercept(nrows: usize) -> Self {
        Self {
            nrows,
            ncols: 1,
            values: vec![1.0; nrows],
        }
    }

    /// Создаёт design matrix из одного пользовательского столбца.
    #[must_use]
    #[inline]
    pub fn column(values: &[f64]) -> Self {
        Self {
            nrows: values.len(),
            ncols: 1,
            values: values.to_vec(),
        }
    }

    /// Создаёт matrix из набора столбцов, опционально добавляя intercept первым.
    ///
    /// Все переданные столбцы должны иметь длину `nrows`.
    ///
    /// # Errors
    ///
    /// Возвращает [`ModelError::DesignRowMismatch`], если хотя бы один столбец
    /// имеет длину, отличную от `nrows`. Возвращает
    /// [`ModelError::ArithmeticOverflow`], если число элементов row-major
    /// представления не помещается в `usize`.
    pub fn from_columns(
        nrows: usize,
        include_intercept: bool,
        columns: &[&[f64]],
    ) -> Result<Self, ModelError> {
        for column in columns {
            if column.len() != nrows {
                return Err(ModelError::DesignRowMismatch {
                    parameter: "column",
                    expected_rows: nrows,
                    actual_rows: column.len(),
                });
            }
        }

        let ncols = columns
            .len()
            .checked_add(usize::from(include_intercept))
            .ok_or(ModelError::ArithmeticOverflow {
                context: "dense design column count",
            })?;
        let mut values = Vec::with_capacity(checked_len(
            nrows,
            ncols,
            "dense design row-major value count",
        )?);

        for row in 0..nrows {
            if include_intercept {
                values.push(1.0);
            }
            for column in columns {
                values.push(column[row]);
            }
        }

        Self::from_row_major(nrows, ncols, values)
    }

    /// Возвращает row-major значения матрицы.
    #[must_use]
    #[inline]
    pub fn values(&self) -> &[f64] {
        &self.values
    }
}

fn checked_len(nrows: usize, ncols: usize, context: &'static str) -> Result<usize, ModelError> {
    nrows
        .checked_mul(ncols)
        .ok_or(ModelError::ArithmeticOverflow { context })
}

impl DesignMatrix for DenseDesign {
    #[inline(always)]
    fn nrows(&self) -> usize {
        self.nrows
    }

    #[inline(always)]
    fn ncols(&self) -> usize {
        self.ncols
    }

    #[inline]
    fn dot_row(&self, row: usize, beta: &[f64]) -> f64 {
        debug_assert!(row < self.nrows);
        debug_assert_eq!(beta.len(), self.ncols);

        let offset = row * self.ncols;
        self.values[offset..offset + self.ncols]
            .iter()
            .zip(beta)
            .map(|(x, b)| x * b)
            .sum()
    }

    #[inline]
    fn add_t_mul_vec(&self, weights: &[f64], out: &mut [f64]) {
        debug_assert_eq!(weights.len(), self.nrows);
        debug_assert_eq!(out.len(), self.ncols);

        for (row, weight) in weights.iter().copied().enumerate() {
            let offset = row * self.ncols;
            let row_values = &self.values[offset..offset + self.ncols];
            for (out_value, x) in out.iter_mut().zip(row_values) {
                *out_value = x.mul_add(weight, *out_value);
            }
        }
    }

    #[inline]
    fn add_weighted_t_mul_vec(&self, weights: &[f64], multiplier: &[f64], out: &mut [f64]) {
        debug_assert_eq!(weights.len(), self.nrows);
        debug_assert_eq!(multiplier.len(), self.nrows);
        debug_assert_eq!(out.len(), self.ncols);

        for (row, (&weight, &multiplier)) in weights.iter().zip(multiplier).enumerate() {
            let scaled_weight = weight * multiplier;
            let offset = row * self.ncols;
            let row_values = &self.values[offset..offset + self.ncols];
            for (out_value, x) in out.iter_mut().zip(row_values) {
                *out_value = x.mul_add(scaled_weight, *out_value);
            }
        }
    }

    fn gram_weighted(&self, weights: &[f64], out: &mut [f64]) {
        let ncols = self.ncols;
        debug_assert_eq!(weights.len(), self.nrows);
        debug_assert_eq!(out.len(), ncols * ncols);

        for (row, weight) in weights.iter().copied().enumerate() {
            let row_offset = row * ncols;
            let row_values = &self.values[row_offset..row_offset + ncols];
            for (j, x_j) in row_values.iter().copied().enumerate() {
                let xw_j = x_j * weight;
                for (k, x_k) in row_values.iter().copied().enumerate().skip(j) {
                    let delta = x_k * xw_j;
                    out[j * ncols + k] += delta;
                    if k != j {
                        out[k * ncols + j] += delta;
                    }
                }
            }
        }
    }
}

#[cfg(test)]
mod tests {
    use super::{DenseDesign, DesignMatrix};
    use approx::assert_relative_eq;

    use crate::ModelError;

    #[test]
    fn dense_design_multiplies_rows_and_transpose() {
        let design = DenseDesign::from_rows(&[[1.0, 2.0], [3.0, 4.0]]);

        assert_relative_eq!(design.dot_row(1, &[10.0, 1.0]), 34.0);

        let mut out = vec![0.0, 0.0];
        design.add_t_mul_vec(&[0.5, 2.0], &mut out);

        assert_relative_eq!(out[0], 6.5);
        assert_relative_eq!(out[1], 9.0);
    }

    #[test]
    fn dense_design_builds_from_columns_and_weighted_transpose() {
        let first = [2.0, 3.0];
        let second = [5.0, 7.0];
        let design = DenseDesign::from_columns(2, true, &[&first, &second]).unwrap();

        assert_eq!(design.values(), &[1.0, 2.0, 5.0, 1.0, 3.0, 7.0]);
        assert_relative_eq!(design.dot_row(1, &[10.0, 1.0, 0.5]), 16.5);

        let mut out = vec![1.0, 1.0, 1.0];
        design.add_weighted_t_mul_vec(&[2.0, 3.0], &[0.5, -1.0], &mut out);

        assert_relative_eq!(out[0], -1.0);
        assert_relative_eq!(out[1], -6.0);
        assert_relative_eq!(out[2], -15.0);
    }

    #[test]
    fn dense_design_rejects_column_row_mismatch() {
        assert_eq!(
            DenseDesign::from_columns(2, false, &[&[1.0]]).unwrap_err(),
            ModelError::DesignRowMismatch {
                parameter: "column",
                expected_rows: 2,
                actual_rows: 1,
            }
        );
    }

    #[test]
    fn dense_design_rejects_overflowing_dimensions() {
        assert_eq!(
            DenseDesign::from_row_major(usize::MAX, 2, Vec::new()).unwrap_err(),
            ModelError::ArithmeticOverflow {
                context: "dense design row-major value count"
            }
        );
    }

    #[test]
    fn dense_design_weighted_gram_matches_elementwise() {
        // X = [[1, 2], [3, 4]]  weights = [0.5, 2.0]
        let design = DenseDesign::from_rows(&[[1.0, 2.0], [3.0, 4.0]]);
        let weights = vec![0.5, 2.0];
        let mut gram = vec![0.0; 4];
        design.gram_weighted(&weights, &mut gram);

        // Expected: X^T diag(w) X
        // X^T = [[1, 3], [2, 4]]
        // X^T W X = [[1*0.5*1 + 3*2.0*3, 1*0.5*2 + 3*2.0*4],
        //            [2*0.5*1 + 4*2.0*3, 2*0.5*2 + 4*2.0*4]]
        //         = [[18.5, 25.0], [25.0, 34.0]]
        assert_relative_eq!(gram[0], 18.5);
        assert_relative_eq!(gram[1], 25.0);
        assert_relative_eq!(gram[2], 25.0);
        assert_relative_eq!(gram[3], 34.0);

        // Adding into existing Gram
        let mut gram2 = vec![1.0, 2.0, 3.0, 4.0];
        design.gram_weighted(&weights, &mut gram2);
        assert_relative_eq!(gram2[0], 19.5);
        assert_relative_eq!(gram2[1], 27.0);
        assert_relative_eq!(gram2[2], 28.0);
        assert_relative_eq!(gram2[3], 38.0);
    }

    #[test]
    fn default_gram_weighted_matches_dense_override() {
        #[derive(Debug)]
        struct DefaultGramDesign(DenseDesign);

        impl DesignMatrix for DefaultGramDesign {
            fn nrows(&self) -> usize {
                self.0.nrows()
            }

            fn ncols(&self) -> usize {
                self.0.ncols()
            }

            fn dot_row(&self, row: usize, beta: &[f64]) -> f64 {
                self.0.dot_row(row, beta)
            }

            fn add_t_mul_vec(&self, weights: &[f64], out: &mut [f64]) {
                self.0.add_t_mul_vec(weights, out);
            }
        }

        let dense = DenseDesign::from_rows(&[[1.0, 2.0], [3.0, 4.0]]);
        let default = DefaultGramDesign(dense.clone());
        let weights = vec![0.5, 2.0];

        let mut gram_default = vec![0.0; 4];
        default.gram_weighted(&weights, &mut gram_default);

        let mut gram_override = vec![0.0; 4];
        dense.gram_weighted(&weights, &mut gram_override);

        assert_relative_eq!(gram_default[0], gram_override[0]);
        assert_relative_eq!(gram_default[1], gram_override[1]);
        assert_relative_eq!(gram_default[2], gram_override[2]);
        assert_relative_eq!(gram_default[3], gram_override[3]);
    }
}