fqtk_lib/
mod.rs

1pub mod barcode_matching;
2pub mod samples;
3
4/// Checks whether a given u8 byte is a "No-call"-ed base, signified by the bytes 'N', 'n' and '.'
5fn byte_is_nocall(byte: u8) -> bool {
6    byte == b'N' || byte == b'n' || byte == b'.'
7}
8
9/// Checks whether a provided byte is an A, G, C, or T.
10fn is_valid_base(byte: u8) -> bool {
11    byte == b'A' || byte == b'C' || byte == b'G' || byte == b'T' || byte_is_nocall(byte)
12}
13
14#[cfg(test)]
15mod tests {
16    use super::*;
17
18    // ############################################################################################
19    // Test byte_is_no_call
20    // ############################################################################################
21    #[test]
22    fn test_byte_is_no_call() {
23        assert!(byte_is_nocall(b'N'));
24        assert!(byte_is_nocall(b'n'));
25        assert!(byte_is_nocall(b'.'));
26        assert!(!byte_is_nocall(b'A'));
27        assert!(!byte_is_nocall(b'C'));
28        assert!(!byte_is_nocall(b'G'));
29        assert!(!byte_is_nocall(b'T'));
30        assert!(!byte_is_nocall(b'a'));
31        assert!(!byte_is_nocall(b'c'));
32        assert!(!byte_is_nocall(b'g'));
33        assert!(!byte_is_nocall(b't'));
34    }
35
36    // ############################################################################################
37    // Test is_valid_base
38    // ############################################################################################
39    #[test]
40    fn test_is_valid_base() {
41        assert!(is_valid_base(b'N'));
42        assert!(is_valid_base(b'n'));
43        assert!(is_valid_base(b'.'));
44        assert!(!is_valid_base(b'a'));
45        assert!(!is_valid_base(b'c'));
46        assert!(!is_valid_base(b'g'));
47        assert!(!is_valid_base(b't'));
48        assert!(is_valid_base(b'A'));
49        assert!(is_valid_base(b'C'));
50        assert!(is_valid_base(b'G'));
51        assert!(is_valid_base(b'T'));
52    }
53}
fqtk_lib/mod.rs

fqtk_lib/
mod.rs
