feffit 0.1.0

Pure-Rust EXAFS toolkit — data reduction (pre-edge/normalize/AUTOBK), Fourier transforms, FEFF path fitting (feffit), and feff.inp build/run; a port of larch.xafs
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138

//! Atomic masses (amu) by atomic number, generated by
//! `scripts/gen_atomic_mass.py` from xraydb's `atomic_mass`.
//!
//! larch builds each path atom's mass with `xraydb.atomic_mass(iz)`
//! (`larch/xafs/feffdat.py`); embedding the same table makes `rmass`,
//! `sigma2_eins`, and `sigma2_debye` reproduce larch bit-for-bit. Do not
//! edit by hand — regenerate with the script.

/// Atomic masses in amu, indexed by `Z - 1` (`Z` = 1..=118).
pub(crate) const ATOMIC_MASS: [f64; 118] = [
    1.0078,  //   1 H
    4.0026,  //   2 He
    6.94,    //   3 Li
    9.0122,  //   4 Be
    10.81,   //   5 B
    12.011,  //   6 C
    14.007,  //   7 N
    15.999,  //   8 O
    18.9984, //   9 F
    20.1797, //  10 Ne
    22.9898, //  11 Na
    24.305,  //  12 Mg
    26.9815, //  13 Al
    28.085,  //  14 Si
    30.9738, //  15 P
    32.06,   //  16 S
    35.453,  //  17 Cl
    39.948,  //  18 Ar
    39.0983, //  19 K
    40.078,  //  20 Ca
    44.9559, //  21 Sc
    47.867,  //  22 Ti
    50.9415, //  23 V
    51.996,  //  24 Cr
    54.938,  //  25 Mn
    55.845,  //  26 Fe
    58.9332, //  27 Co
    58.6934, //  28 Ni
    63.546,  //  29 Cu
    65.38,   //  30 Zn
    69.72,   //  31 Ga
    72.63,   //  32 Ge
    74.9216, //  33 As
    78.971,  //  34 Se
    79.904,  //  35 Br
    83.798,  //  36 Kr
    85.4678, //  37 Rb
    87.62,   //  38 Sr
    88.9058, //  39 Y
    91.224,  //  40 Zr
    92.9064, //  41 Nb
    95.95,   //  42 Mo
    97.907,  //  43 Tc
    101.07,  //  44 Ru
    102.906, //  45 Rh
    106.42,  //  46 Pd
    107.868, //  47 Ag
    112.414, //  48 Cd
    114.818, //  49 In
    118.71,  //  50 Sn
    121.76,  //  51 Sb
    127.6,   //  52 Te
    126.905, //  53 I
    131.293, //  54 Xe
    132.905, //  55 Cs
    137.327, //  56 Ba
    138.905, //  57 La
    140.116, //  58 Ce
    140.908, //  59 Pr
    144.242, //  60 Nd
    145.0,   //  61 Pm
    150.36,  //  62 Sm
    151.96,  //  63 Eu
    157.25,  //  64 Gd
    158.925, //  65 Tb
    162.5,   //  66 Dy
    164.93,  //  67 Ho
    167.259, //  68 Er
    168.934, //  69 Tm
    173.045, //  70 Yb
    174.967, //  71 Lu
    178.49,  //  72 Hf
    180.948, //  73 Ta
    183.84,  //  74 W
    186.207, //  75 Re
    190.23,  //  76 Os
    192.217, //  77 Ir
    195.084, //  78 Pt
    196.967, //  79 Au
    200.592, //  80 Hg
    204.383, //  81 Tl
    207.2,   //  82 Pb
    208.98,  //  83 Bi
    209.0,   //  84 Po
    210.0,   //  85 At
    222.0,   //  86 Rn
    223.0,   //  87 Fr
    226.0,   //  88 Ra
    227.0,   //  89 Ac
    232.038, //  90 Th
    231.036, //  91 Pa
    238.029, //  92 U
    237.048, //  93 Np
    239.052, //  94 Pu
    243.0,   //  95 Am
    247.0,   //  96 Cm
    247.0,   //  97 Bk
    251.0,   //  98 Cf
    252.0,   //  99 Es
    257.0,   // 100 Fm
    258.0,   // 101 Md
    259.0,   // 102 No
    266.0,   // 103 Lr
    267.0,   // 104 Rf
    268.0,   // 105 Db
    269.0,   // 106 Sg
    270.0,   // 107 Bh
    269.0,   // 108 Hs
    278.0,   // 109 Mt
    281.0,   // 110 Ds
    282.0,   // 111 Rg
    285.0,   // 112 Cn
    286.0,   // 113 Nh
    289.0,   // 114 Fl
    290.0,   // 115 Mc
    293.0,   // 116 Lv
    294.0,   // 117 Ts
    294.0,   // 118 Og
];

/// Atomic mass (amu) for atomic number `iz`, or `None` if out of range.
pub fn atomic_mass(iz: i64) -> Option<f64> {
    if iz >= 1 && iz as usize <= ATOMIC_MASS.len() {
        Some(ATOMIC_MASS[(iz - 1) as usize])
    } else {
        None
    }
}