ctddump 0.29.0

Convert oceanographic CTD (Conductivity, Temperature, Depth) data from NetCDF to Parquet or YAML
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242

use std::fs;
use ctddump::handle_dispatch;

// ── helpers ──────────────────────────────────────────────────────────────────

/// Copy `src` files into a fresh temp dir and return (temp_dir, src_path).
fn setup_src(files: &[&str]) -> (tempfile::TempDir, std::path::PathBuf) {
    let dir = tempfile::tempdir().unwrap();
    for f in files {
        fs::copy(f, dir.path().join(std::path::Path::new(f).file_name().unwrap())).unwrap();
    }
    let path = dir.path().to_path_buf();
    (dir, path)
}

// ── batch convert nrt_ar ──────────────────────────────────────────────────────

#[test]
fn test_batch_convert_nrt_ar_with_output_dir() {
    let (_src_guard, src_dir) = setup_src(&[
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_ITP-71.nc",
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_58KN.nc",
    ]);
    let out_dir = tempfile::tempdir().unwrap();

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "convert".to_string(), "nrt_ar".to_string(),
        "--output".to_string(), out_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
        src_dir.to_str().unwrap().to_string(),
    ];
    assert!(handle_dispatch(&args).is_ok());

    assert!(out_dir.path().join("AR_PR_CT_ITP-71.parquet").exists());
    assert!(out_dir.path().join("AR_PR_CT_58KN.parquet").exists());
}

#[test]
fn test_batch_convert_nrt_ar_in_place() {
    let (src_guard, src_dir) = setup_src(&[
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_ITP-71.nc",
    ]);

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "convert".to_string(), "nrt_ar".to_string(),
        src_dir.to_str().unwrap().to_string(),
    ];
    assert!(handle_dispatch(&args).is_ok());

    assert!(src_guard.path().join("AR_PR_CT_ITP-71.parquet").exists());
}

#[test]
fn test_batch_convert_nrt_ar_with_threads() {
    let (_src_guard, src_dir) = setup_src(&[
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_ITP-71.nc",
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_58KN.nc",
    ]);
    let out_dir = tempfile::tempdir().unwrap();

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "convert".to_string(), "nrt_ar".to_string(),
        "--output".to_string(), out_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
        "--threads".to_string(), "2".to_string(),
        src_dir.to_str().unwrap().to_string(),
    ];
    assert!(handle_dispatch(&args).is_ok());

    assert!(out_dir.path().join("AR_PR_CT_ITP-71.parquet").exists());
    assert!(out_dir.path().join("AR_PR_CT_58KN.parquet").exists());
}

// ── batch convert cora ────────────────────────────────────────────────────────

#[test]
fn test_batch_convert_cora_with_output_dir() {
    let (_src_guard, src_dir) = setup_src(&[
        "./tests/test_data/CO_DMQCGL01_19861204_PR_CT.nc",
    ]);
    let out_dir = tempfile::tempdir().unwrap();

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "convert".to_string(), "cora".to_string(),
        "--output".to_string(), out_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
        src_dir.to_str().unwrap().to_string(),
    ];
    assert!(handle_dispatch(&args).is_ok());

    assert!(out_dir.path().join("CO_DMQCGL01_19861204_PR_CT.parquet").exists());
}

// ── batch header nrt ──────────────────────────────────────────────────────────

#[test]
fn test_batch_header_nrt_with_output_dir() {
    let (_src_guard, src_dir) = setup_src(&[
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_ITP-71.nc",
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_58KN.nc",
    ]);
    let out_dir = tempfile::tempdir().unwrap();

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "header".to_string(), "nrt".to_string(),
        "--output".to_string(), out_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
        src_dir.to_str().unwrap().to_string(),
    ];
    assert!(handle_dispatch(&args).is_ok());

    assert!(out_dir.path().join("AR_PR_CT_ITP-71.yaml").exists());
    assert!(out_dir.path().join("AR_PR_CT_58KN.yaml").exists());
}

#[test]
fn test_batch_header_nrt_in_place() {
    let (src_guard, src_dir) = setup_src(&[
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_ITP-71.nc",
    ]);

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "header".to_string(), "nrt".to_string(),
        src_dir.to_str().unwrap().to_string(),
    ];
    assert!(handle_dispatch(&args).is_ok());

    assert!(src_guard.path().join("AR_PR_CT_ITP-71.yaml").exists());
}

// ── batch header cora ─────────────────────────────────────────────────────────

#[test]
fn test_batch_header_cora_with_output_dir() {
    let (_src_guard, src_dir) = setup_src(&[
        "./tests/test_data/CO_DMQCGL01_19861204_PR_CT.nc",
    ]);
    let out_dir = tempfile::tempdir().unwrap();

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "header".to_string(), "cora".to_string(),
        "--output".to_string(), out_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
        src_dir.to_str().unwrap().to_string(),
    ];
    assert!(handle_dispatch(&args).is_ok());

    assert!(out_dir.path().join("CO_DMQCGL01_19861204_PR_CT.yaml").exists());
}

// ── duplicate detection ───────────────────────────────────────────────────────

#[test]
fn test_batch_duplicate_error() {
    let src_root = tempfile::tempdir().unwrap();
    let sub_a = src_root.path().join("a");
    let sub_b = src_root.path().join("b");
    fs::create_dir_all(&sub_a).unwrap();
    fs::create_dir_all(&sub_b).unwrap();

    fs::copy(
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_ITP-71.nc",
        sub_a.join("AR_PR_CT_ITP-71.nc"),
    ).unwrap();
    fs::copy(
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_ITP-71.nc",
        sub_b.join("AR_PR_CT_ITP-71.nc"),
    ).unwrap();

    let out_dir = tempfile::tempdir().unwrap();
    let args = vec![
        "batch".to_string(), "convert".to_string(), "nrt_ar".to_string(),
        "--output".to_string(), out_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
        src_root.path().to_str().unwrap().to_string(),
    ];

    let result = handle_dispatch(&args);
    assert!(result.is_err());
    let msg = result.unwrap_err().to_string();
    assert!(msg.contains("Duplicate output filenames detected"), "got: {msg}");
}

// ── empty directory ───────────────────────────────────────────────────────────

/// A pattern that matches no files is not an error: the batch succeeds and writes
/// no output (so a workflow can reference a not-yet-available dataset).
#[test]
fn test_batch_empty_pattern_no_output() {
    let src_dir = tempfile::tempdir().unwrap();
    let out_dir = tempfile::tempdir().unwrap();

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "convert".to_string(), "nrt_ar".to_string(),
        "--output".to_string(), out_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
        src_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
    ];

    let result = handle_dispatch(&args);
    assert!(result.is_ok(), "empty match should succeed, got: {result:?}");
    let produced = std::fs::read_dir(out_dir.path()).unwrap().count();
    assert_eq!(produced, 0, "no output files should be written");
}

// ── pattern selection ─────────────────────────────────────────────────────────

/// Default pattern for nrt_ar is "AR_PR_CT_*.nc"; a CORA file in the same
/// directory must not be converted.
#[test]
fn test_batch_default_pattern_filters() {
    let (_src_guard, src_dir) = setup_src(&[
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_ITP-71.nc",
        "./tests/test_data/CO_DMQCGL01_19861204_PR_CT.nc",
    ]);
    let out_dir = tempfile::tempdir().unwrap();

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "convert".to_string(), "nrt_ar".to_string(),
        "--output".to_string(), out_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
        src_dir.to_str().unwrap().to_string(),
    ];
    assert!(handle_dispatch(&args).is_ok());

    assert!(out_dir.path().join("AR_PR_CT_ITP-71.parquet").exists());
    assert!(!out_dir.path().join("CO_DMQCGL01_19861204_PR_CT.parquet").exists());
}

/// --pattern overrides the default; here we narrow two AR files down to one
/// using an exact filename.
#[test]
fn test_batch_pattern_override() {
    let (_src_guard, src_dir) = setup_src(&[
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_ITP-71.nc",
        "./tests/test_data/AR_PR_CT_58KN.nc",
    ]);
    let out_dir = tempfile::tempdir().unwrap();

    let args = vec![
        "batch".to_string(), "convert".to_string(), "nrt_ar".to_string(),
        "--output".to_string(), out_dir.path().to_str().unwrap().to_string(),
        "--pattern".to_string(), "AR_PR_CT_ITP-71.nc".to_string(),
        src_dir.to_str().unwrap().to_string(),
    ];
    assert!(handle_dispatch(&args).is_ok());

    assert!(out_dir.path().join("AR_PR_CT_ITP-71.parquet").exists());
    assert!(!out_dir.path().join("AR_PR_CT_58KN.parquet").exists());
}