bio 2.0.3

A bioinformatics library for Rust. This library provides implementations of many algorithms and data structures that are useful for bioinformatics, but also in other fields.
Documentation 
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// Copyright 2014 M. Rizky Luthfianto.
// Licensed under the MIT license (http://opensource.org/licenses/MIT)
// This file may not be copied, modified, or distributed
// except according to those terms.

lazy_static! {
    // taken from https://github.com/seqan/seqan/blob/master/include%2Fseqan%2Fscore%2Fscore_matrix_data.h#L806
    static ref MAT: ndarray::Array2<i32> = ndarray::Array::from_shape_vec((27, 27), vec![
         6,  -3,  -6,  -3,  -2,  -7,  -1,  -6,  -4,  -5,  -6,  -5,  -4,  -3,  -3,  -1,  -3,
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        -3,  -4,  -5,  -4,  -6, -13,  -8,   6,  -4, -15,
        -3,  -4,  -8,  -5,  -4,  -7,  -4,  -4,  -4,  -5,  -4,  -5,  -4,  -3,  -4,  -4,  -4,
        -5,  -2,  -3,  -4,  -4,  -9,  -7,  -4,  -4, -15,
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       -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15,   1
    ]).unwrap();
}

#[inline]
fn lookup(a: u8) -> usize {
    if a == b'Y' {
        23
    } else if a == b'Z' {
        24
    } else if a == b'X' {
        25
    } else if a == b'*' {
        26
    } else {
        (a - 65) as usize
    }
}

/// Return the PAM40 substitution matrix score of [a, b]
///
/// # Example
///
/// ```
/// use bio::scores::pam40;
/// assert_eq!(pam40(b'H', b'A'), -6);
/// ```
pub fn pam40(a: u8, b: u8) -> i32 {
    let a = lookup(a);
    let b = lookup(b);

    MAT[(a, b)]
}

#[cfg(test)]
mod tests {
    use super::*;

    #[test]
    fn test_pam40() {
        let score1 = pam40(b'A', b'A');
        assert_eq!(score1, 6);
        let score2 = pam40(b'*', b'*');
        assert_eq!(score2, 1);
        let score3 = pam40(b'A', b'*');
        assert_eq!(score3, -15);
        let score4 = pam40(b'*', b'*');
        assert_eq!(score4, 1);
        let score5 = pam40(b'X', b'X');
        assert_eq!(score5, -4);
        let score6 = pam40(b'X', b'Z');
        assert_eq!(score6, -4);
    }
}