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111
use ndarray;
lazy_static! {
static ref MAT: ndarray::Array2<i32> = ndarray::Array::from_shape_vec((27, 27), vec![
2, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, -1, -2, -1, -2, -1, 0, 0, 1, 0, -2, 1, 1, 0, 0,
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-8, 0, -5, -3, -8,
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-7, -4, 3, -1, -8,
-3, -4, -4, -6, -5, 9, -5, -2, 1, 2, -5, 2, 0, -3, -2, -5, -5, -4, -3, -3, -2, -1,
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-6, -5, 0, -1, -8,
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-4, -2, -1, -1, -8,
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-8, -8, -8, -8, 1,
]).unwrap();
}
#[inline]
fn lookup(a: u8) -> usize {
if a == b'Y' {
23 as usize
} else if a == b'Z' {
24 as usize
} else if a == b'X' {
25 as usize
} else if a == b'*' {
26 as usize
} else {
(a - 65) as usize
}
}
pub fn pam250(a: u8, b: u8) -> i32 {
let a = lookup(a);
let b = lookup(b);
MAT[(a, b)]
}
#[cfg(test)]
mod tests {
use super::*;
#[test]
fn test_pam250() {
let score1 = pam250(b'A', b'A');
assert_eq!(score1, 2);
let score2 = pam250(b'*', b'*');
assert_eq!(score2, 1);
let score3 = pam250(b'A', b'*');
assert_eq!(score3, -8);
let score4 = pam250(b'*', b'*');
assert_eq!(score4, 1);
let score5 = pam250(b'X', b'X');
assert_eq!(score5, -1);
let score6 = pam250(b'X', b'Z');
assert_eq!(score6, -1);
}
}