1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
/// processing of user-chosen reactions.
/// So you define what reactions you need by using the constructor of mechanism from the mechfinder_api module or
/// manually with help of kinetics_lib_api module. Now you ca
/// ru
/// Модуль снабжен библиотекой кинетических параметров химических реакций, полученной в результате парсинга общедоступныхбаз данных
/// Модуль берет на вход название библиотеки и вектор веществ а затем выдает следующие данные:
/// 1) все реакции исходных веществ между собой, и всех их возможных продуктов между собой.
/// 2) HashMap с кинетическими данными всех найденных реакций
/// ----------------------------------------------------------------
/// eng
/// The module is equipped with a library of kinetic parameters of chemical reactions obtained as a result of parsing publicly available databases
/// The module takes as input the name of the library and the vector of substances and then produces the following data:
/// 1) all reactions of starting substances with each other, and all their possible products with each other.
/// 2) HashMap with kinetic data of all found reactions
/// ru
/// Модуль берет на вход вектор уравнений реации, заданных в виде String и выдает следующие данные:
/// 1) стехиометрическую матрицу заданную в виде вектора векторов
/// 2) вектор веществ
/// 3) вектор векторов стехиометрических коэффициентов реагентов в каждой реакции
/// 4) то же для продуктов
/// В процессе производится избавление от артефактов парсинга уравнений из баз данных
/// Примечание:
/// 1) уравнения реакции содержат последние символы '_dup' или '_DUP' (то есть дублирующие) - эти
/// символы удаляются как артефакты парсинга
/// 2) для работы с эмпирическими реакциями у которых
/// код возвращает следующие структуры данных: матрица стехеометрических коэффициентов,
/// матрица коэффициентов прямых реакций и матрица коэффициентов обратных реакций, матрица степеней концентраций для кинетической функции, G_matrix,
/// как правило степени концентраций в кинетической функции совпадают со стехеометрическими коэффициентами веществ в реакциии, однако,
/// для эмпирических реакций они могут и отличаться от стехеометрических коэффициентов.
/// Предусмотрена вохможность прямого указания этих коэффициентов в уравнениях реакции в виде "степени"
/// после формулы вещества (например A**0.3 ) такие степени записываются в G_matrix вместо стехеометрических коэффициентов
/// в противном случае записывается стехеометрический коэффициент
/// ----------------------------------------------------------------
/// eng
/// The module takes as input a vector of reaction equations specified as a vector of String and produces the following data:
/// 1) a stoichiometric matrix specified as a vector of vectors
/// 2) a vector of substances
/// 3) a vector of vectors of stoichiometric coefficients of reactants in each reaction
/// 4) the same for products
/// The process involves getting rid of artifacts of parsing equations from databases
///
/// Note:
/// 1) reaction equations contain the last characters '_dup' or '_DUP' (that is, duplicate ones) - these
/// characters are removed as parsing artifacts
/// 2) for working with empirical reactions in which the code returns the following data structures: matrix of stoicheometric coefficients,
/// matrix of coefficients of direct reactions and matrix of coefficients of reverse reactions, matrix of degrees of concentration for the
/// kinetic function, G_matrix. As a rule, the degrees of concentration in the kinetic function coincide with the stoicheometric coefficients of
/// the substances in the reaction; however, for empirical reactions they may differ from the stoicheometric coefficients.
/// It is possible to directly indicate these coefficients in the reaction equations in the form of a “degree” after the formula of a substance
/// (for example A**0.3), such degrees are written in G_matrix instead of stoicheometric coefficients otherwise, the stoicheometric coefficient is written
/// # Examples
/// reaction data with artifacts of parsing equations from databases
/// ```
/// use KiThe::Kinetics::stoichiometry_analyzer::StoichAnalyzer ;
/// let mut ReactionAnalyzer_instance = StoichAnalyzer ::new();
/// let reactions_: Vec<&str> = vec!["A=2BM)", "B->A + 3C_DUP", "2B+A=D"];
/// let reaction = reactions_.iter().map(|s| s.to_string()).collect();
/// ReactionAnalyzer_instance.reactions = reaction;
/// ReactionAnalyzer_instance.search_substances();
/// println!("substances: {:?}", ReactionAnalyzer_instance.substances);
/// let substancses_ = vec!["A", "B", "C", "D"];
/// let substancses = substancses_.iter().map(|s| s.to_string()).collect();
/// ReactionAnalyzer_instance.substances = substancses ;
/// ReactionAnalyzer_instance.analyse_reactions();
/// println!("{:?}", ReactionAnalyzer_instance);
/// ```
// Basis functionality to search in reaction library
///
/// # Examples
/// ```
/// use KiThe::Kinetics::kinetics_lib_api::KineticData;
/// let lib = "NUIG";
/// let mut kin_instance = KineticData::new();
/// kin_instance.open_json_files(lib);
/// kin_instance.print_all_reactions();
/// let substances: Vec<String> = vec!["CO".to_string(), "H".to_string()];
/// //search reactions by substances
/// kin_instance.search_reaction_by_reagents_and_products(substances);
/// kin_instance.search_reactdata_for_vector_of_IDs(vec!["1".to_string(), "2".to_string()]);
/// ```
/// ru
/// в проекте используются шорткаты для названий реакций в стиле
/// "сокращенное название библиотеки реакции"+"номер реакции в библиотеке",
/// например C_10 означает реакция '10' в библиотеке CANTERA.
/// То же означает C10 и Сantera_10
/// eng
/// The project uses shortcuts for reaction names in the style
/// of "short name of the reaction library" + "reaction number in the library"
/// for example C_10 means reaction '10' in the CANTERA library.
/// The same means C10 and Сantera_10
/// Module to calculate the atomic composition and molar mass of a chemical formula
///
/// # Examples
/// ```
/// use KiThe::Kinetics::molmass::calculate_molar_mass;
/// let formula = "C6H8O6";
/// let (molar_mass, element_composition) = calculate_molar_mass(formula.to_string(), None);
/// println!("Element counts: {:?}", element_composition);
/// println!("Molar mass: {:?} g/mol", molar_mass);
/// use KiThe::Kinetics::molmass::parse_formula;
/// let formula = "Na(NO3)2".to_string();
/// let atomic_composition = parse_formula(formula, None) ;
/// println!("{:?}", atomic_composition);
/// ```
///