List of all items
Structs
- _IO_FILE
- _IO_codecvt
- _IO_marker
- _IO_wide_data
- args_for_one_oligo_or_primer
- dpal_args
- dpal_results
- formula_parameters
- input_sequence
- interval_array_t2
- interval_array_t4
- masker_parameters
- oligo_array
- oligo_problems
- oligo_stats
- oligo_weights
- output_sequence
- p3_global_settings
- p3retval
- pair_array_t
- pair_stats
- pair_weights
- pr_append_str
- primer_pair
- primer_rec
- rep_sim
- seq_args
- seq_lib
- sequencing_parameters
- thal_args
- thal_parameters
- thal_results
- tm_ret
Functions
- add_seq_and_rev_comp_to_seq_lib
- choose_primers
- create_empty_seq_lib
- create_seq_arg
- destroy_p3retval
- destroy_seq_args
- destroy_seq_lib
- destroy_thal_structures
- divalent_to_monovalent
- dpal
- dpal_set_ambiguity_code_matrix
- dpal_set_default_nt_args
- dpal_set_h_nt_matrix
- end_oligodg
- get_thermodynamic_values
- long_seq_tm
- oligodg
- oligotm
- p3_create_global_settings
- p3_destroy_global_settings
- p3_sa_add_to_overlap_junctions_array
- p3_sa_add_to_quality_array
- p3_set_gs_first_base_index
- p3_set_gs_gc_clamp
- p3_set_gs_inside_penalty
- p3_set_gs_lib_ambiguity_codes_consensus
- p3_set_gs_liberal_base
- p3_set_gs_lowercase_masking
- p3_set_gs_max_end_gc
- p3_set_gs_max_end_stability
- p3_set_gs_min_3_internal_overlap_of_junction
- p3_set_gs_min_3_prime_overlap_of_junction
- p3_set_gs_min_5_internal_overlap_of_junction
- p3_set_gs_min_5_prime_overlap_of_junction
- p3_set_gs_min_internal_three_prime_distance
- p3_set_gs_min_left_three_prime_distance
- p3_set_gs_min_right_three_prime_distance
- p3_set_gs_num_return
- p3_set_gs_outside_penalty
- p3_set_gs_pair_compl_any
- p3_set_gs_pair_compl_any_th
- p3_set_gs_pair_compl_end
- p3_set_gs_pair_compl_end_th
- p3_set_gs_pair_max_template_mispriming
- p3_set_gs_pair_max_template_mispriming_th
- p3_set_gs_pair_repeat_compl
- p3_set_gs_pick_anyway
- p3_set_gs_primer_annealing_temp
- p3_set_gs_primer_divalent_conc
- p3_set_gs_primer_dmso_conc
- p3_set_gs_primer_dmso_fact
- p3_set_gs_primer_dna_conc
- p3_set_gs_primer_dntp_conc
- p3_set_gs_primer_explain_flag
- p3_set_gs_primer_file_flag
- p3_set_gs_primer_first_base_index
- p3_set_gs_primer_formamide_conc
- p3_set_gs_primer_gc_clamp
- p3_set_gs_primer_hairpin_th
- p3_set_gs_primer_inside_penalty
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_divalent_conc
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_dmso_conc
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_dmso_fact
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_dna_conc
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_dntp_conc
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_formamide_conc
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_max_bound
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_max_gc
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_max_mishyb
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_max_poly_x
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_max_size
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_max_tm
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_min_bound
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_min_gc
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_min_quality
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_min_size
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_min_tm
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_mishyb_library
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_num_ns
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_opt_bound
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_opt_size
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_opt_tm
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_salt_conc
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_self_any
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_self_any_th
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_self_end
- p3_set_gs_primer_internal_oligo_self_end_th
- p3_set_gs_primer_io_wt_bound_gt
- p3_set_gs_primer_io_wt_bound_lt
- p3_set_gs_primer_io_wt_compl_end
- p3_set_gs_primer_io_wt_compl_end_th
- p3_set_gs_primer_io_wt_end_qual
- p3_set_gs_primer_io_wt_gc_percent_gt
- p3_set_gs_primer_io_wt_gc_percent_lt
- p3_set_gs_primer_io_wt_hairpin_th
- p3_set_gs_primer_io_wt_num_ns
- p3_set_gs_primer_io_wt_rep_sim
- p3_set_gs_primer_io_wt_seq_qual
- p3_set_gs_primer_io_wt_size_gt
- p3_set_gs_primer_io_wt_size_lt
- p3_set_gs_primer_io_wt_tm_gt
- p3_set_gs_primer_io_wt_tm_lt
- p3_set_gs_primer_io_wt_wt_coml_any
- p3_set_gs_primer_io_wt_wt_coml_any_th
- p3_set_gs_primer_lib_ambiguity_codes_consensus
- p3_set_gs_primer_liberal_base
- p3_set_gs_primer_lowercase_masking
- p3_set_gs_primer_max_bound
- p3_set_gs_primer_max_diff_tm
- p3_set_gs_primer_max_end_stability
- p3_set_gs_primer_max_gc
- p3_set_gs_primer_max_mispriming
- p3_set_gs_primer_max_mispriming_th
- p3_set_gs_primer_max_poly_x
- p3_set_gs_primer_max_size
- p3_set_gs_primer_max_template_mispriming
- p3_set_gs_primer_max_template_mispriming_th
- p3_set_gs_primer_max_tm
- p3_set_gs_primer_min_bound
- p3_set_gs_primer_min_end_quality
- p3_set_gs_primer_min_gc
- p3_set_gs_primer_min_quality
- p3_set_gs_primer_min_size
- p3_set_gs_primer_min_tm
- p3_set_gs_primer_mispriming_library
- p3_set_gs_primer_num_ns_accepted
- p3_set_gs_primer_num_return
- p3_set_gs_primer_opt_bound
- p3_set_gs_primer_opt_gc_percent
- p3_set_gs_primer_opt_size
- p3_set_gs_primer_opt_tm
- p3_set_gs_primer_outside_penalty
- p3_set_gs_primer_pair_max_mispriming
- p3_set_gs_primer_pair_max_mispriming_th
- p3_set_gs_primer_pair_wt_compl_any
- p3_set_gs_primer_pair_wt_compl_any_th
- p3_set_gs_primer_pair_wt_compl_end
- p3_set_gs_primer_pair_wt_compl_end_th
- p3_set_gs_primer_pair_wt_diff_tm
- p3_set_gs_primer_pair_wt_hairpin_th
- p3_set_gs_primer_pair_wt_io_penalty
- p3_set_gs_primer_pair_wt_pr_penalty
- p3_set_gs_primer_pair_wt_product_size_gt
- p3_set_gs_primer_pair_wt_product_size_lt
- p3_set_gs_primer_pair_wt_product_tm_gt
- p3_set_gs_primer_pair_wt_product_tm_lt
- p3_set_gs_primer_pair_wt_rep_sim
- p3_set_gs_primer_pair_wt_template_mispriming
- p3_set_gs_primer_pair_wt_template_mispriming_th
- p3_set_gs_primer_pick_anyway
- p3_set_gs_primer_pick_internal_oligo
- p3_set_gs_primer_pick_left_primer
- p3_set_gs_primer_pick_right_primer
- p3_set_gs_primer_product_max_tm
- p3_set_gs_primer_product_min_tm
- p3_set_gs_primer_product_opt_size
- p3_set_gs_primer_product_opt_tm
- p3_set_gs_primer_quality_range_max
- p3_set_gs_primer_quality_range_min
- p3_set_gs_primer_salt_conc
- p3_set_gs_primer_salt_corrections
- p3_set_gs_primer_self_any
- p3_set_gs_primer_self_any_th
- p3_set_gs_primer_self_end
- p3_set_gs_primer_self_end_th
- p3_set_gs_primer_task
- p3_set_gs_primer_thermodynamic_oligo_alignment
- p3_set_gs_primer_thermodynamic_template_alignment
- p3_set_gs_primer_tm_santalucia
- p3_set_gs_primer_wt_bound_gt
- p3_set_gs_primer_wt_bound_lt
- p3_set_gs_primer_wt_compl_any
- p3_set_gs_primer_wt_compl_any_th
- p3_set_gs_primer_wt_compl_end
- p3_set_gs_primer_wt_compl_end_th
- p3_set_gs_primer_wt_end_qual
- p3_set_gs_primer_wt_end_stability
- p3_set_gs_primer_wt_gc_percent_gt
- p3_set_gs_primer_wt_gc_percent_lt
- p3_set_gs_primer_wt_hairpin_th
- p3_set_gs_primer_wt_num_ns
- p3_set_gs_primer_wt_pos_penalty
- p3_set_gs_primer_wt_rep_sim
- p3_set_gs_primer_wt_seq_qual
- p3_set_gs_primer_wt_size_gt
- p3_set_gs_primer_wt_size_lt
- p3_set_gs_primer_wt_template_mispriming
- p3_set_gs_primer_wt_template_mispriming_th
- p3_set_gs_primer_wt_tm_gt
- p3_set_gs_primer_wt_tm_lt
- p3_set_gs_prmax
- p3_set_gs_prmin
- p3_set_gs_quality_range_max
- p3_set_gs_quality_range_min
- p3_set_sa_empty_quality
- p3_set_sa_incl_l
- p3_set_sa_incl_s
- p3_set_sa_internal_input
- p3_set_sa_left_input
- p3_set_sa_n_quality
- p3_set_sa_primer_sequence_quality
- p3_set_sa_right_input
- p3_set_sa_sequence
- p3_set_sa_sequence_file
- p3_set_sa_sequence_name
- p3_set_sa_start_codon_pos
- p3_set_sa_trimmed_original_sequence
- p3_set_sa_trimmed_sequence
- p3_set_sa_upcased_sequence
- read_and_create_seq_lib
- seq_lib_num_seq
- seqtm
- set_dpal_args
- set_thal_default_args
- set_thal_oligo_default_args
- symmetry
- thal
- thal_free_parameters
- thal_load_parameters
- thal_set_null_parameters
Type Aliases
- FILE
- _IO_lock_t
- __off64_t
- __off_t
- dpal_ssm
- masking_direction
- oligo_type
- p3_output_type
- salt_correction_type
- task
- thal_alignment_type
- thal_mode
- tm_method_type
Statics
Constants
- DPAL_ERROR_SCORE
- DPAL_GLOBAL
- DPAL_GLOBAL_END
- DPAL_LOCAL
- DPAL_LOCAL_END
- DPAL_MAX_ALIGN
- DPM_DEBUG
- DPM_FAST
- DPM_GENERAL
- DPM_STRUCT
- THAL_MAX_ALIGN
- THAL_MAX_SEQ
- masking_direction_both_on_same
- masking_direction_both_separately
- masking_direction_fwd
- masking_direction_rev
- oligo_type_OT_INTL
- oligo_type_OT_LEFT
- oligo_type_OT_RIGHT
- p3_output_type_primer_list
- p3_output_type_primer_pairs
- salt_correction_type_owczarzy
- salt_correction_type_santalucia
- salt_correction_type_schildkraut
- task_check_primers
- task_generic
- task_pick_cloning_primers
- task_pick_discriminative_primers
- task_pick_hyb_probe_only
- task_pick_left_only
- task_pick_pcr_primers
- task_pick_pcr_primers_and_hyb_probe
- task_pick_primer_list
- task_pick_right_only
- task_pick_sequencing_primers
- thal_alignment_type_thal_any
- thal_alignment_type_thal_end1
- thal_alignment_type_thal_end2
- thal_alignment_type_thal_hairpin
- thal_mode_THL_DEBUG
- thal_mode_THL_DEBUG_F
- thal_mode_THL_FAST
- thal_mode_THL_GENERAL
- thal_mode_THL_STRUCT
- tm_method_type_breslauer_auto
- tm_method_type_santalucia_2004
- tm_method_type_santalucia_auto