Crate mm2

Modules§

align_single_query_to_targets
align_worker
build_aligner
build_aligner_v2: does not work now
build_bam_record_from_mapping
convert_mapping_cigar_to_record_cigar: if reverse alignment, the cigar will be reversed!
hits2records
mapping2str
query_seq_sender
set_primary_alignment_according_2_align_score
set_primary_supp_alignment_according_2_align_score: 重新设置 primary 和 supplementary。其主要在多个参考基因序列场景使用由于对于多个参考序列场景，每个参考序列都构建了一个aligner，所以我们会得到之多 N 个 primary。N表示参考序列个数。 primary设置逻辑：primary中，比对分数最高的作为最终的primary, 其余的primary基于 query 的 ovlp 来确定自己是 supplementary 还是 secondary supplementary设置逻辑：所有hits重新排列，按照 primary 在第一位，supplementary 按照比对得分位列2~？。secondary排到最后依次判断当前 range 和之前的 supplementary range的 ovlp。如果 ovlp>0.5 当前 supp 就降级为 secondary
targets_to_targetsidx: {“target_name”: (idx, length)}