[−] List of all items
Structs
- FastaRecord
- Options
- Pool
- StaFeParams
- StaInsidePartFuncMatSets
- StaInsidePartFuncMats
- TmpStaInsidePartFuncMatSets
- utils::EXP_COEFFICIENT_4_ALL_C_HL_DELTA_FE
- utils::EXP_COEFFICIENT_4_LOG_EXTRAPOLATION_OF_INIT_HL_DELTA_FE
- utils::EXP_COEFFICIENT_4_NINIO
- utils::EXP_COEFFICIENT_4_TERM_OF_NUM_OF_BRANCHING_HELICES_ON_INIT_ML_DELTA_FE
- utils::EXP_CONST_4_ALL_C_HL_DELTA_FE
- utils::EXP_CONST_4_INIT_ML_DELTA_FE
- utils::EXP_FIVE_PRIME_DE_DELTA_FES
- utils::EXP_HELIX_AU_OR_GU_END_PENALTY_DELTA_FE
- utils::EXP_HELIX_INTERMOLECULAR_INIT_DELTA_FE
- utils::EXP_HELIX_SYMMETRY_PENALTY_DELTA_FE
- utils::EXP_HL_GG_FIRST_MISMATCH_BONUS_DELTA_FE
- utils::EXP_HL_OF_3_CS_PENALTY_DELTA_FE
- utils::EXP_HL_SPECIAL_GU_CLOSURE_BONUS_DELTA_FE
- utils::EXP_HL_TM_DELTA_FES
- utils::EXP_HL_UU_OR_GA_FIRST_MISMATCH_BONUS_DELTA_FE
- utils::EXP_IL_TM_DELTA_FES
- utils::EXP_INIT_HL_DELTA_FES
- utils::EXP_MAX_NINIO
- utils::EXP_ML_TM_DELTA_FES
- utils::EXP_ONE_VS_MANY_IL_TM_DELTA_FES
- utils::EXP_RIBOSUM_85_60_BA_SCORE_MAT
- utils::EXP_RIBOSUM_85_60_BPA_SCORE_MAT
- utils::EXP_SPECIAL_HL_DELTA_FES
- utils::EXP_STACK_DELTA_FES
- utils::EXP_THREE_PRIME_DE_DELTA_FES
- utils::EXP_TWO_VS_3_IL_TM_DELTA_FES
- utils::FIVE_PRIME_DE_DELTA_FES
- utils::FastaRecord
- utils::HL_TM_DELTA_FES
- utils::IL_TM_DELTA_FES
- utils::INIT_HL_DELTA_FES
- utils::ML_TM_DELTA_FES
- utils::ONE_VS_MANY_IL_TM_DELTA_FES
- utils::Options
- utils::RIBOSUM_85_60_BA_SCORE_MAT
- utils::RIBOSUM_85_60_BPA_SCORE_MAT
- utils::SPECIAL_HL_DELTA_FES
- utils::STACK_DELTA_FES
- utils::SaScoringParams
- utils::SsFreeEnergyMats
- utils::SsMaxFreeEnergyMats
- utils::SsPartFuncMats
- utils::THREE_PRIME_DE_DELTA_FES
- utils::TWO_VS_3_IL_TM_DELTA_FES
Functions
- from_utf8_unchecked
- get_backward_tmp_sta_inside_part_func_mat_sets
- get_forward_tmp_sta_inside_part_func_mat_sets
- get_max_bp_span
- get_seq_len_diff
- get_sta_inside_part_func_mat_sets
- get_sta_outside_part_func_4d_mat_4_bpas
- io_algo_4_bpap_mat
- multizip
- pct_of_bpp_and_upp_mat
- phyloprob
- print_program_usage
- remove_small_bpps_from_bpp_mat
- utils::convert
- utils::from_utf8_unchecked
- utils::get_2_loop_fe
- utils::get_abs_diff
- utils::get_bpp_and_unpair_prob_mats
- utils::get_exp_2_loop_fe
- utils::get_exp_hl_fe
- utils::get_exp_special_hl_fe
- utils::get_hl_fe
- utils::get_max_free_energy
- utils::get_special_hl_fe
- utils::get_ss_part_func_mats
- utils::invert_bp
- utils::is_au_or_gu
- utils::is_canonical
- utils::is_rna_base
- utils::logsumexp
- utils::max
- utils::mccaskill_algo
- utils::min
- utils::multizip
- utils::print_program_usage
- utils::scale
Typedefs
- Arg
- Args
- BoolsWithPosPairs
- FastaId
- FastaRecords
- FreeEnergyPair
- NumOfThreads
- PosPairsWithPosPairs
- Prob1dMats
- Prob4dMat
- Prob4dMatsWithRnaIdPairs
- ProbMatPair
- ProbMats
- RnaId
- RnaIdPair
- SeqPair
- SparseFreeEnergyMat
- SsFreeEnergyMatSetPair
- StaFeParamSetsWithRnaIdPairs
- TmpStaInsidePartFuncMatSetsWithPosQuadruples
- utils::Args
- utils::BaScoreMat
- utils::Base
- utils::BasePair
- utils::BpaScoreMat
- utils::CaScoreMat
- utils::Char
- utils::CharPair
- utils::DeDeltaFes
- utils::FastaId
- utils::FastaRecords
- utils::FreeEnergies
- utils::FreeEnergy
- utils::FreeEnergy4dMat
- utils::FreeEnergyMat
- utils::FxHashMap
- utils::HlTmDeltaFes
- utils::IlTmDeltaFes
- utils::InitHlDeltaFes
- utils::LogProb
- utils::MlTmDeltaFes
- utils::Num
- utils::PartFunc
- utils::PartFuncMat
- utils::PartFuncs
- utils::Pos
- utils::PosPair
- utils::PosQuadruple
- utils::Prob
- utils::ProbMat
- utils::ProbSeqPair
- utils::Probs
- utils::SaScore
- utils::ScaleParam
- utils::ScaleParamMat
- utils::ScaleParams
- utils::Seq
- utils::SeqSlice
- utils::SparseFreeEnergyMat
- utils::SparsePartFuncMat
- utils::SparseProbMat
- utils::SpecialHlDeltaFes
- utils::SsPair
- utils::StackDeltaFes
Constants
- DEFAULT_EXTENDING_GAP_PENALTY
- DEFAULT_MIN_BPP
- DEFAULT_OFFSET_4_MAX_GAP_NUM
- DEFAULT_OPENING_GAP_PENALTY
- MAX_GAP_NUM_4_IL
- MIN_GAP_NUM_4_IL
- MIN_SEQ_LENGTH_4_LOGSUMEXP_METHOD
- utils::A
- utils::AA
- utils::AC
- utils::AG
- utils::AU
- utils::BIG_A
- utils::BIG_C
- utils::BIG_G
- utils::BIG_U
- utils::C
- utils::CA
- utils::CC
- utils::CG
- utils::COEFFICIENT_4_ALL_C_HL_DELTA_FE
- utils::COEFFICIENT_4_LOG_EXTRAPOLATION_OF_INIT_HL_DELTA_FE
- utils::COEFFICIENT_4_NINIO
- utils::COEFFICIENT_4_TERM_OF_NUM_OF_BRANCHING_HELICES_ON_INIT_ML_DELTA_FE
- utils::CONST_4_ALL_C_HL_DELTA_FE
- utils::CONST_4_INIT_ML_DELTA_FE
- utils::CU
- utils::G
- utils::GA
- utils::GAS_CONST
- utils::GC
- utils::GG
- utils::GU
- utils::HELIX_AU_OR_GU_END_PENALTY_DELTA_FE
- utils::HELIX_INTERMOLECULAR_INIT_DELTA_FE
- utils::HELIX_SYMMETRY_PENALTY_DELTA_FE
- utils::HL_GG_FIRST_MISMATCH_BONUS_DELTA_FE
- utils::HL_OF_3_CS_PENALTY_DELTA_FE
- utils::HL_SPECIAL_GU_CLOSURE_BONUS_DELTA_FE
- utils::HL_UU_OR_GA_FIRST_MISMATCH_BONUS_DELTA_FE
- utils::INVERSE_TEMPERATURE
- utils::K0
- utils::KILO
- utils::MAX_2_LOOP_LEN
- utils::MAX_LOOP_LEN_4_LOG_EXTRAPOLATION_OF_INIT_LOOP_DELTA_FE
- utils::MAX_NINIO
- utils::MAX_SPAN_OF_INDEX_PAIR_CLOSING_IL
- utils::MIN_HL_LEN
- utils::MIN_LOOP_LEN_4_LOG_EXTRAPOLATION_OF_INIT_HL_DELTA_FE
- utils::MIN_SPAN_OF_INDEX_PAIR_CLOSING_HL
- utils::MIN_SPAN_OF_INDEX_PAIR_CLOSING_ML
- utils::NEG_INFINITY
- utils::NUM_OF_BASES
- utils::NUM_OF_SPECIAL_HLS
- utils::PSEUDO_BASE
- utils::SMALL_A
- utils::SMALL_C
- utils::SMALL_G
- utils::SMALL_U
- utils::TEMPERATURE
- utils::U
- utils::UA
- utils::UC
- utils::UG
- utils::UU