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Structs

• durbin_algo::SaPartFuncMats
• utils::HashMap
• utils::SaScoringParams

Functions

• durbin_algo::durbin_algo
• durbin_algo::get_cap_mat_and_unaligned_char_psp
• durbin_algo::get_sa_part_func_mats_and_scale_param_mat

Type Aliases

• utils::CaScoreMat
• utils::Char
• utils::CharPair
• utils::LogProb
• utils::PartFunc
• utils::PartFuncMat
• utils::PartFuncs
• utils::Pos
• utils::PosPair
• utils::Prob
• utils::ProbMat
• utils::ProbSeqPair
• utils::Probs
• utils::SaScore
• utils::ScaleParam
• utils::ScaleParamMat
• utils::ScaleParams
• utils::Seq
• utils::SeqSlice
• utils::SsPair

Constants

• utils::NEG_INFINITY