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// Copyright 2015 M. Rizky Luthfianto.
// Licensed under the MIT license (http://opensource.org/licenses/MIT)
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use ndarray;

lazy_static! {
    // taken from https://github.com/seqan/seqan/blob/master/include%2Fseqan%2Fscore%2
    // Fscore_matrix_data.h#L614
    // Copyright (c) 2006-2015, Knut Reinert, FU Berlin
    static ref MAT: ndarray::Array2<i32> = ndarray::Array::from_shape_vec((27, 27), vec![
         3,  0, -3,  0,  0, -4,  1, -3, -1, -2, -2, -3, -2, -1, -1,  1, -1, -3,  1,  1, -1,  0,
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        -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
        -8, -8, -8, -8,  1
    ]).unwrap();
}

#[inline]
fn lookup(a: u8) -> usize {
    if a == b'Y' {
        23 as usize
    } else if a == b'Z' {
        24 as usize
    } else if a == b'X' {
        25 as usize
    } else if a == b'*' {
        26 as usize
    } else {
        (a - 65) as usize
    }
}

pub fn pam120(a: u8, b: u8) -> i32 {
    let a = lookup(a);
    let b = lookup(b);

    MAT[(a, b)]
}

#[cfg(test)]
mod tests {
    use super::*;

    #[test]
    fn test_pam120() {
        let score1 = pam120(b'A', b'A');
        assert_eq!(score1, 3);
        let score2 = pam120(b'*', b'*');
        assert_eq!(score2, 1);
        let score3 = pam120(b'A', b'*');
        assert_eq!(score3, -8);
        let score4 = pam120(b'*', b'*');
        assert_eq!(score4, 1);
        let score5 = pam120(b'X', b'X');
        assert_eq!(score5, -2);
        let score6 = pam120(b'X', b'Z');
        assert_eq!(score6, -1);
    }
}