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// Copyright 2014 M. Rizky Luthfianto.
// Licensed under the MIT license (http://opensource.org/licenses/MIT)
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// except according to those terms.

use nalgebra::DMat;

lazy_static! {

// taken from https://github.com/seqan/seqan/blob/master/include%2Fseqan%2Fscore%2Fscore_matrix_data.h#L327
	static ref ARRAY: [i32;729]=[
		 4, -2,  0, -2, -1, -2,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -2,  0, -1, -1, -1,  1,  0,  0,  0, -3, -2, -1,  0, -4,
		-2,  4, -3,  4,  1, -3, -1,  0, -3, -4,  0, -4, -3,  3, -1, -2,  0, -1,  0, -1, -1, -3, -4, -3,  1, -1, -4,
		 0, -3,  9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -3, -2, -3, -3, -3, -1, -1, -2, -1, -2, -2, -3, -2, -4,
		-2,  4, -3,  6,  2, -3, -1, -1, -3, -4, -1, -4, -3,  1, -1, -1,  0, -2,  0, -1, -1, -3, -4, -3,  1, -1, -4,
		-1,  1, -4,  2,  5, -3, -2,  0, -3, -3,  1, -3, -2,  0, -1, -1,  2,  0,  0, -1, -1, -2, -3, -2,  4, -1, -4,
		-2, -3, -2, -3, -3,  6, -3, -1,  0,  0, -3,  0,  0, -3, -1, -4, -3, -3, -2, -2, -1, -1,  1,  3, -3, -1, -4,
		 0, -1, -3, -1, -2, -3,  6, -2, -4, -4, -2, -4, -3,  0, -1, -2, -2, -2,  0, -2, -1, -3, -2, -3, -2, -1, -4,
		-2,  0, -3, -1,  0, -1, -2,  8, -3, -3, -1, -3, -2,  1, -1, -2,  0,  0, -1, -2, -1, -3, -2,  2,  0, -1, -4,
		-1, -3, -1, -3, -3,  0, -4, -3,  4,  3, -3,  2,  1, -3, -1, -3, -3, -3, -2, -1, -1,  3, -3, -1, -3, -1, -4,
		-1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  3,  3, -3,  3,  2, -3, -1, -3, -3, -3, -2, -1, -1,  2, -3, -1, -3, -1, -4,
		-1,  0, -3, -1,  1, -3, -2, -1, -3, -3,  5, -2, -1,  0, -1, -1,  1,  2,  0, -1, -1, -2, -3, -2,  1, -1, -4,
		-1, -4, -1, -4, -3,  0, -4, -3,  2,  3, -2,  4,  2, -3, -1, -3, -2, -2, -2, -1, -1,  1, -2, -1, -3, -1, -4,
		-1, -3, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  1,  2, -1,  2,  5, -2, -1, -2,  0, -1, -1, -1, -1,  1, -1, -1, -1, -1, -4,
		-2,  3, -3,  1,  0, -3,  0,  1, -3, -3,  0, -3, -2,  6, -1, -2,  0,  0,  1,  0, -1, -3, -4, -2,  0, -1, -4,
		 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4,
		-1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -3, -1, -3, -2, -2, -2,  7, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -4, -3, -1, -2, -4,
		-1,  0, -3,  0,  2, -3, -2,  0, -3, -3,  1, -2,  0,  0, -1, -1,  5,  1,  0, -1, -1, -2, -2, -1,  3, -1, -4,
		-1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  0, -3, -3,  2, -2, -1,  0, -1, -2,  1,  5, -1, -1, -1, -3, -3, -2,  0, -1, -4,
		 1,  0, -1,  0,  0, -2,  0, -1, -2, -2,  0, -2, -1,  1,  0, -1,  0, -1,  4,  1,  0, -2, -3, -2,  0,  0, -4,
		 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1,  0,  0, -1, -1, -1,  1,  5,  0,  0, -2, -2, -1,  0, -4,
		 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4,
		 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3,  3,  2, -2,  1,  1, -3, -1, -2, -2, -3, -2,  0, -1,  4, -3, -1, -2, -1, -4,
		-3, -4, -2, -4, -3,  1, -2, -2, -3, -3, -3, -2, -1, -4, -2, -4, -2, -3, -3, -2, -2, -3, 11,  2, -3, -2, -4,
		-2, -3, -2, -3, -2,  3, -3,  2, -1, -1, -2, -1, -1, -2, -1, -3, -1, -2, -2, -2, -1, -1,  2,  7, -2, -1, -4,
		-1,  1, -3,  1,  4, -3, -2,  0, -3, -3,  1, -3, -1,  0, -1, -1,  3,  0,  0, -1, -1, -2, -3, -2,  4, -1, -4,
		 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1,  0,  0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4,
		-4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,  1
	];

	static ref MAT: DMat<i32> = DMat::from_col_vec(27, 27, &*ARRAY);
}

#[inline]
fn lookup(a: u8) -> usize {
    if a == b'Y' {
        23 as usize
    } else if a == b'Z' {
        24 as usize
    } else if a == b'X' {
        25 as usize
    } else if a == b'*' {
        26 as usize
    } else {
        (a - 65) as usize
    }
}

pub fn blosum62(a: u8, b: u8) -> i32 {
    let a = lookup(a);
    let b = lookup(b);

    MAT[(a, b)]
}

#[cfg(test)]
mod tests {
    use super::*;

    #[test]
    fn test_blosum62() {
        let score1 = blosum62(b'A', b'A');
        assert_eq!(score1, 4);
        let score2 = blosum62(b'O', b'*');
        assert_eq!(score2, -4);
        let score3 = blosum62(b'A', b'*');
        assert_eq!(score3, -4);
        let score4 = blosum62(b'*', b'*');
        assert_eq!(score4, 1);
        let score5 = blosum62(b'X', b'X');
        assert_eq!(score5, -1);
        let score6 = blosum62(b'X', b'Z');
        assert_eq!(score6, -1);
    }
}